生物信息学平台课1上课讲义.ppt

生物信息学平台课1;1、什么是生物信息学;什么是生物信息学？;什么是生物信息学？;什么是生物信息学？;广义生物信息学观点;生物信息学、系统生物学与计算生物学;生物信息学、系统生物学与计算生物学;2、生物信息学的诞生与发展;生物信息学的诞生和发展 ;萌芽期(60－70年代) 生物数据库的建立； 检索工具的开发； DNA和蛋白质序列分析 序列比对: 以Dayhoff的替换矩阵和Needleman-Wunsch和Smith-Waterman比对算法为代表;通过比较两条或多条序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者之间可能的进化关系 构建进化树 比较基因组学研究 ;蛋白序列（Blast）;蛋白序列（Clustal）;形成期(80年代) 网络数据库系统的建立、交互界面的开发； 分子数据库和BLAST等相似性搜索程序； 基因寻找和识别； 结构基因组。 ;Blast可以进行一条序列和数据库的比对 Blast可以两条或多条序列的比对;三个发展阶段;于20世纪80年代提出，由美、英、日、中、德、法等国参加针对人体23对染色体全部DNA的碱基对（3×109）序列进行测序，对大约25,000基因进行染色体定位，构建人类基因组遗传图谱和物理图谱的国际合作研究计划。 ;HGP对人类疾病基因研究的贡献 人类疾病相关的基因是人类基因组中结构和功能完整性至关重要的信息。对于单基因病，采用“定位克隆”和“定位候选克隆”的全新思路，导致了亨廷顿舞蹈病、遗传性结肠癌和乳腺癌等一大批单基因遗传病致病基因的发现，为这些疾病的基因诊断和基因治疗奠定了基础。对于心血管疾病、肿瘤、糖尿病、神经精神类疾病（老年性痴呆、精神分裂症）、自身免疫性疾病等多基因疾病是目前疾病基因研究的重点。;HGP对生物技术的贡献 基因工程药物：分泌蛋白（多肽激素，生长因子，趋化因子，凝血和抗凝血因子等）及其受体。 诊断和研究试剂产业：基因和抗体试剂盒、诊断和研究用生物芯片、疾病和筛药模型。 对细胞、胚胎、组织工程的推动：胚胎和成年期干细胞、克隆技术、器官再造。;人类基因组计划的实施和完成，带来了生物信息学这门学科的飞跃式的发展。 ;现阶段;生物信息学研究的一些课题问题;Drug design (药物设计) Protein design (蛋白质设计) Linkage analysis and quantitative traits (连锁遗传和数量性状分析) Multiple sequence comparison and remote homolog search (多序列比较和远源搜索) Protein tertiary structure prediction (蛋白质三级结构预测) RNA secondary structure prediction (RNA二级结构预测) Regulatory sequence analysis (调控序列分析) Computational proteomics (计算蛋白质组学) Gene ontology and function prediction (基因功能预测);Computational comparative genomics (计算比较基因组学) Text (literature) mining (文献挖掘) Small RNA and anti-sense regulation (小RNA反义调控) Alternative splicing prediction (选择性剪切) Computational metabolomics (计算代谢组学) Genome semantics (基因组语义学) Membrane protein structure prediction (膜蛋白结构预测) RNA tertiary structure prediction (RNA三级结构预测) Post-translational modification (翻译后编辑) Dynamics of regulatory networks (动态调控网络) Virtual cell/organism modeling (虚拟细胞建模);3、生物信息学研究的几个专题介绍;3-1、 生物信息数据库概述;数据库的产生背景是海量数据的出现;一级数据库和二级数据库;分子生物信息数据库分类;基因组数据库;核酸序列数据库;蛋白质序列数据库;蛋白质结构数据库;3-2、蛋白质结构预测;关于数据库，值得关注的一组数字;序列 vs 结构;蛋白质三级结构预测的意义;蛋白质结构的4个层次;动物的胰岛素(Insulin)，氨基酸序列线性排列;二级结构是指多肽链借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性的结构的构象，是多肽链局部 的空间结构 主要有 α－螺旋、β－片层、loop、co