藏川杨异形叶全基因组关联分析.pdfVIP

摘要 摘要 植物叶片大小、形态会因着生位置不同而产生差异，这种现象称为异形叶 （Heterophylly ）。目前，基于拟南芥等模式生物的分子生物学研究发现，miR156-SPLs 是 异形叶发育的核心调控因子。然而，不同于拟南芥等草本植物，多年生木本植物具有生 命周期长、难以获得突变体以及遗传操作复杂等特点，因此针对林木异形叶的研究更适 合采用基因定位的方法。然而，目前相关学术研究开展较少。本研究为挖掘林木异形叶 发育的分子机理，以藏川杨为实验材料展开讨论。 藏川杨（Populus szechuanica var. tibetica ），隶属于杨柳科杨属，具有生长迅速、易 于繁殖等优势，且存在明显的异形叶特征。因此本研究通过对藏川杨色季拉山脉自然群 体 400 个个体进行高通量测序，获得分子标记后，基于几何形态学方法，利用简化吉列 方程（Simplified Gielie Equation, SGE）对藏川杨一年生扦插苗不同位置的叶片形态进行 拟合，共提取出 6 组叶片形态性状；通过引入异形叶指数（Heterophylly Index, HI ），采 用幂函数描述异形叶发育过程。在功能作图框架下，对不同性状的异形发育进行全基因 组关联分析。本研究主要结论如下： （1）藏川杨自然群体中400 个样本高通量测序，共获得近 30 万高质量、高密度的 高精度的单核苷酸多态（Single nucleotide polymorphism, SNP）位点，保证了关联分析的 精度。 （2 ）群体遗传结构分析结果表明，本研究使用的藏川杨自然群体可以划分为高海 拔和低海拔分类群。两个分类群之间的群体分化系数 FST 为 0.067 ，分子方差分析 （Analysis of molecular variance, AMOVA ）结果显示两个分类群之间的遗传差异仅占总 遗传差异的 3.64%，表明两个分类群之间没有显著的遗传分化。 （3 ）与椭圆傅里叶方程相比，使用简化吉列方程对叶片轮廓形态的拟合效果更好， 且仅需 2 个参数（l 和 n ）。同时还可以获得叶长、宽、长宽比和叶面积等叶片形态数据， 数据呈正态分布并具有较好的遗传力。 （4 ）引入异形叶指数，结合幂函数拟合异形叶发育过程。通过全基因组扫描，平均 检出 1453 （1061 ~ 2790）个阳性 SNP 位点与异形叶发育显著相关。通过基因注释，定 位到一些重要基因，包括 SPLs、AP2 以及TCP 等转录因子以及一些生长素、乙烯等植 I 摘要 物激素信号通路相关的基因，为进一步开展基因功能验证实验以及叶片形态功能基因组 研究奠定了基础。 （5 ）海拔因素对不同性状异形叶发育的影响程度不同，对参数 n 和叶面积的影响 较大。另外，海拔因素对异形叶转换时期影响显著，高海拔组样本更早进入转换期。 本研究结合高通量测序技术，利用几何形态学方法，通过全基因组关联分析解析藏 川杨异形叶发育的遗传机理，为后续功能基因验证工作的开展奠定了理论基础。 关键词：叶片形态，异形叶，藏川杨，异形叶指数，全基因组关联分析