二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略-Bennett.pptVIP

二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 全外显子测序检测流程： 人类不同个体之间的基因组序列 约 20000~30000 个变异 ，而真 因此对致病变异进行过滤分析变 100% 准确，只是对变异进行 在实际工作中需要结合临床情况 差异约为千分之一，每个外显子组测 序会发现 正的致病变异通常只有一两个。 得尤为重要，目前使用的这些方法都 不能保证 优先级排序，最后得到的是优先级最 高的变异集合。 验证。 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 案例分享： Rett 综合征：运动发育迟缓、病毒感染、缺氧缺血性脑病 Floating-Harbor 综合征：出生发育落后，说话不清楚，不和人主动 说话，妈妈精神异常。 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 ? 全基因组测序（ WGS ）： 定义：即对人的基因组中的全部基因进行测序，测定其 DNA 的 碱基序列。 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 WGS 测序分析流程能分为三大块，数据处理、检测变异和综合分 析，具体如下图所示： 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 样本准备 样本寄送 收样组收样 收样组收样 流入生产环节 收样系统信息填写， 蓝冰或者协商低 样本信息单与实际到样核对， 打印样本信息单 温送样 到样信息与系统信息核对 样本质检 提取 建库 上机平台上 数据下机，分 机测序 路径 核酸质检 / 文库质检 生产平台提取建库 硬盘交付 / 云盘交付 收样环节 生产环节 二代测序在遗传病检测方面的应用策略 Bennett 12/19/2019 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 目 录 ? ? ? 二代测序简介 遗传病简介 二代测序技术在遗传病检测方面的应用策略 二代测序简介 NGS （ Next-Generation Sequencing ），下一代测序技术，以能一次并 行对几十万到几百万条 DNA 分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。 特点：费用低、通量高、速度快 样本准备 sample fragmentation 文库构建 library preparation 测序反应 sequencing reaction 数据分析 data analysis NovaSeq HiSeq X ten HiSeq 2000/2500/4000 Miseq NextSeq 500 Sequel 二代测序简介 二代测序基本原理：边合成边测序 ? 将目标 DNA 打断为小片段 ? 单个小片段 DNA 分子结合到固相表面（微珠、芯片） ? 单分子独立扩增（桥式 PCR 、乳液 PCR ） ? 每次只复制一个碱基（ A,C,T,G ）并检测信号（荧光信号） ? 高分辨率的成像系统 二代测序简介 主流测序平台一览： 公司名称 技术原理 ABI Illumina Roche 基于磁珠的大规模并行克隆连 接 DNA 测序法 合成测序法 技术开发者 美国 Agencourt 私人基因组学 公司（ APG ） 英国 Solexa 公司首席科学家 David Bentley 商业模式 上市公司：销售设备和试剂 获取利润 上市公司：销售设备和试剂 获取利润 上市公司：销售设备和试剂 获取利润，该产品已经于 2013 年停产。 上市公司： 2007 年 5 月首次 公开募股（ IPO ）（ P.S. 由 于该平台准确率太低等原因， 该公司已于 2012 年宣告破产） 私人公司：投资额为 4650 万 美元，该公司于 2013 年被华 大基因收购。 美国 454 Life Sciences 公司的 大规模并行焦磷酸合成测序法 创始人 Jonathan Rothberg Helicos 美国斯坦福大学生物工程学 大规模并行单分子合成测序法 家 Stephen Quake Complete Genomics DNA 纳米阵列与组合探针锚定 连接测序法 美国 Complete Genomics 公司 首席科学家 radoje drmanac 遗传病简介 遗传病 是指由遗传物质发生改变而引起的或者是由致病基因所控制的 疾病。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可 后天发病。 ? 染色体病 ? 基因病 器官 （人体） 人体由成千上万个 细