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bioconductor 分析芯片数据教程 wangpeng905 2017.04.21 09:21* 这是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程， 原文在这 里，教程条理清晰，对我理解芯片数据分析流程帮助很大，就把它翻译了过来。 介绍 芯片数据分析流程有些复杂， 但使用 R 和 Bioconductor 包 进行分析就简单多了。 本教程将一步一步的展示如何安装 R 和 Bioconductor ，通过 GEO 数据库下载芯片数据， 对数 据进行标准化，然后对数据进行质控检查，最后查找差异表 达的基因。教程示例安装的各种依赖包和运行命令均是是在 Ubuntu 环境中运行的（版本： Ubuntu 10.04 ， R 2.121）, 教程的示例代码和图片在这里。 安装 R 和 Bioconductor 包 打开命令终端，先安装 R 和 Bioconductor 的依赖包，然后安装 R.$ sudo apt-get install r-base-core libxml2-dev libcurl4-openssl-dev curl $ R 之后在 R 环境中安装 Bioconductor 包 gt; # 下载 Bioconductor 的安装程序 gt; source(/biocLite.R) gt; # 安装 Biocon