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Gromacs 教程 II （MD 结果分析） - 全球中文课程 (二):结果分析 海怀素衣 9MD 结果分析 模拟完成后，可对数据进行分析分析包括三个阶段首先， 有必要检查模拟的质量。如果检查结果表明模拟是好的， 那么模拟可以用来回答所研究的问题。最后，可以组合不同的模拟结果 注意 :文件名应该反映文件的内容，它根据您的模拟系统而变化。让我们假设使用默认文件名，然后将生成以下文件 : ？？？？？？ topol.tpr: 模拟开始时包含完整系统描述的输入文件； Confout.gro:健壮的结构，包括最后一步的坐标和速度； Traj.trr: 所有精确轨迹， 包括位置、速度和时变力 traj.xtc: 压缩轨迹文件，仅包含低精度 (0.001 nm)坐标信息； Ener.edr: 一段时间内的能量数据 md.log:模拟过程日志 注:许多分析工具都可以生成。 xvg 文件这些文件可以通过 xmgr 或 xmgrace 查看，也可以通过 python 脚本 xvg2ascii.py 在终端上显示 每个小组写一份报告。对于一般问题，报告中应给出一个答案。每个 模拟的具体问题应该是 g。在开始分析之前，确保模拟正确完成。导 致仿真中断的原因有很多， 特别是与力场和系统的平衡不充分引起的 问题。要检查模拟是否正确完成，请运行 gmxcheck 程序 : gmx check-ft Raj . xtc ，查看模拟是否执行了 10 纳秒。 ==Q== 轨迹文件中有多少帧，时间分辨率是多少？ 的另一个重要信息源是日志文件在 md.log 文件的末尾，有模拟过程 的统计数据。包括内存和 CPU 的使用以及模拟时间查看日志文件的 末尾，当使用 “less命”令时，可以使用 “G”(shift-G)命令跳到文件的末 尾 ==Q== 实时模拟运行了多长时间 (小时 )，模拟速度是多少 (ns/天)，需 要多少年才能达到一秒？ (T ) ==Q== 在大多数计算中，对势能的贡献是什么？ 不要害怕使用 Gromacs 在线手册，这是 “在 groumacs 邮件列表中搜索”的有趣部分， 甚至可以使用谷歌来获得关于 groumacs使用的术语 的信息。尽管许多分析可以归因于从跟踪文件中提取图像，但是 MD 必须首先注意系统的运动看一下跟踪文件 首先查看 gromacs提供的查看器 ngmx。虽然该软件不如其他查看器那样完美和直观， 但它可以根据拓扑文件信息绘制关键点。 其他查看者可能暗示远程键， 这可能导致这些键被认为太长而不能绘制， 或者可能在非常接近的原子之间绘制键。这是分析模拟结果的常见误差源。使用 ngmx 加载拓扑和跟踪文件 : ngmx-stop ol . TPR-ft Raj . xtc 查看程序菜单并尝试不同的选项。 播放动画查看过程由右侧的选项控 制。右键单击或左键单击以选择选项来更改视图 ==Q== 如果蛋白质扩散到盒子的边界，会发生什么？ 为了视觉美感，我们将从跟踪文件中提取 1000 帧(-dt 10)并忽略水分 子(当软件要求时，选择蛋白质 )此外，我们将忽略边界交叉，形成一个连续的轨迹 (-pbc 跳)为了做到这一点，我们使用了瑞士军刀状的工 具 trjconv ，它有 1001 个选项组合。我们用它来写一个多模型的 pdb 文件，可以在 Pymol 中查看 trjconv-stopol . TPR-ftr aj . xtc-oprotein . pdb-pbcnojump-dt 10 提取 Pymol 中的跟踪文件 :pymol protein.pdb 加载所有帧后，播放动画当 Mlay 动画播放时，其他控制键仍在运行，鼠标可用于旋转、放大或缩小图像或改变分子外观。光谱显示细胞 如果你是对的，你现在可以看到蛋白质扩散，翻转和跳跃。但是我 们对内部运动比对整体行为更感兴趣。 在 Pymol 中，您可以使用命令 intra_fit 将所有其他帧与第一帧对齐然后，您可以使用定位工具来设 置蛋白质中心 :intra _ fit 蛋白质和 (名称 c，n，ca) orient 现在，所有的框架都应该对齐， 您可以看到蛋白质的哪个部分移动得更强这些差异将在后面进行定量分析。 当然，蛋白质在卡通模式下看起来更舒服。试试这个命令 :显示卡通。因为中没有二级结构信息。 pdb 文件中，你可能会看到碳骨架是一根粗管子，但你看不到正确的二级结构。 Pymol 可以自动计算蛋白 质的二级结构，但只有一个框架被计算并映射到其他框架。例如，以下命令可以计算第一帧的二级结构 :dss 通过设置状态，可以更改用于计算的帧 :dss state=1000 最后，可以同时查看所有帧，并且可以检查蛋白质的柔性和刚性部 分。设置 all_stat