并行可扩展科学计算工具箱petsc简介与应用.pdfVIP

PETSc 简介 莫 则 尧 （北京应用物理与计算数学研究所） 一、 PETSc 的起源与现状 二、 PETSc 的成功应用典范 三、 PETSc 的体系结构 四、 PETSc 的核心组件 五、 PETSc 程序示例 六、 PETSc 的具体应用与比较 七、 PETSc 的优点与缺陷 1 一、PETSc 的起源与现状 1． 全称：  并行可扩展科学计算工具箱  Parallel Extensible Toolkits for Scientific Computing  /petsc 2 ．起源：  美国能源部 ODE2000 支持的 20 多个 ACTS （Advanved Computing Test Simulation program, 美国能源部超级计 算中心 / ）工具箱之一，其中包括：  能提供算法的工具：  Aztec ：分布式存储并行机求解大规模稀疏线性 代数系统库；  Hypre ：线性系统求解预条件库；  Opt++ ：串行非线性优化问题数值库；  PETSc ：并行可扩展科学计算工具箱，提供大量 面向对象的并行代数数据结构、解法器和相关辅助 部件，适合并行可扩展求解 PDE 方程（有限差分、 有限元、有限体离散的隐式和显示格式）；  PVODE ：并行常微分方程求解库； 2  ScaLAPACK ：  SuperLU ：代数系统直接求解库；  算法开发辅助工具：  Global Arrays ：以共享存储并行程序设计风格简化 分布存储并行机上程序设计；  Overture ：网格生成辅助工具；  POET ：并行面向对象环境与工具箱；  POOMA ：并行面向对象方法与应用，提供 大量适合有限差分和粒子类模拟方法的数据并行程 序设计（HPF ）的C++类；  运行调试与支持工具：CUMULVS ，Globus ，PAWS ， SILOON，TAU ，Tulip ；  软件开发工具：  ATLAS PHiPAC ：针对当代计算机体系结构的 高性能特征，自动产生优化的数值软件，可与手工 调试的 BLAS 库相比较（？）；  Nexus , PADRE, PETE ； 3 ．现状  时间 ：1995 年—现在；  目前版本：PETSc-2.0.28 + patch ，源代码公开（不包 3 含用户自己加入的核心计算子程序）；  核心人员：数学与计算机部，Argonne 国家重点实验 室 ， Satish Balay, William Gropp, Lois C.McInnes, Barry Smith ；  参研人员：相关访问学者（几十人次，不同组件实现）；  可移植性：CRAY T3D ，T3E ，Origi