上海敏芯代谢组学分析研究应用平台简介.docVIP

附件 二 上海敏芯代谢组学分析研究平台介绍 . 目录 TOC \o 1-3 \h \z \u 上海敏芯代谢组学分析研究平台介绍 1 一、LC-MS代谢组学 3 分析步骤： 3 样品准备： 4 二、GC-MS代谢组学 6 分析步骤： 6 样品准备： 6 三、NMR代谢组学 6 相关结果图谱问题： 6 样品准备： 7 四、结果输出： 8 五、售后服务： 8 六、样品运输： 8 对于用户不一样代谢组学分析及研究目标，尤其是对于用户特殊或高端分析要求，我们专业分析测试团体将提供高品质尿、血液、组织样本液质联用、衍生化气质联用、核磁共振代谢分析方法学研究服务，包含以下几项内容（具体内容可来电咨询或面议）： （1）未知物（或未见报道）代谢组学分析测试研究； （2）含有国际领先水平样品预处理方法学研究； （3）含有国际领先水平液质联用、衍生化气质联用、核磁共振分析方法学研究； （4）含有国际领先水平数据处理方法学研究等。 我们将提供整套代谢分析新方法和新技术研究方案和试验结果，并依据用户要求提供汉字或英文汇报。 一、LC-MS代谢组学 仪器： Waters ACQUITY? UPLC 系统 分析步骤： 样品准备： 血浆样品： 1、使用肝素钠（EDTA或枸橼酸效果不佳）抗凝管采集外周血2-5ml； 2、室温静置30min； 3、3000g，4℃，10min 4、取上清分装，每管分装200ul； 说明：分离后血浆避免反复冻融，分装使用离心管尽可能使用低吸附离心管。 5、-80℃保留 人尿液样品： 样本搜集为患者入院手术前一天，用1000mL量杯取全部清晨第一次尿液，分别统计尿液总体积，混匀后吸收5mL置15mL塑料离心管密封，统计标号，立即于－80℃冰箱冷冻保留。 鼠尿液（rat urine）样品： 样品搜集1ml置洁净离心管中，统计标号，置-80℃ 羊水搜集和处理： 1、羊膜穿刺法采集两份正常妊娠晚期( 37周)羊水5 mL； 2、4 ℃、16 000 g离心15 min 3、0. 4μm过滤后分装- 70 ℃ 离心超滤浓缩样品,根据AurumTM试剂盒程序操作取得400μL去除白蛋白和IgG,再次离心超滤浓缩,B randford法测定蛋白浓度, SDS - PAGE检测高丰度蛋白清除效果. 在400μg浓缩样品中加入8 mol/L尿素、50mmol/L Tris - HCl (pH 8. 0)溶液变性,终浓度为10mmol /L DTT 37 ℃ 1 h还原,终浓度为25 mmol/L碘乙酰胺室温避光30 min进行烷基化修饰,最终用100 mmol/LTris - HCl (pH 8. 0) 稀释上述样品使尿素浓度低于2 mol/L,加入质量比为1 ∶50测序级胰蛋白酶, 37 ℃ 注意事项： 血样和尿液样本中存在大量未灭活蛋白酶，而且可能存在微生物污染，这些对样品中代谢谱影响较大。当这些样本在常温下放置2h以上，细胞降解产生大量代谢产物；另外首先，在蛋白酶作用下，大蛋白质会讲解产生很多小肽段，这些全部会影响到代谢谱检测。所以，在采取样品时，应该尽早分离，并冻存于-80℃ ⑵ 样品反复冻融对于代谢谱也会有影响，要尽可能降低血清样品冻融次数。（请注意在冰上操作，避免样品反复冻融）。 相关血清去除高峰度蛋白问题： 说明：如经费许可，尽可能选择市售去高丰度蛋白（IgG，白蛋白）试剂盒（Agilent，Merck，Qiagen，Thermo，GE全部有售，推荐Agilent）。我们选择是乙腈去除高丰度蛋白，优点是廉价，缺点是去除过程非特异性，低丰度蛋白也会有沉淀。 1、100ul血清+200ul乙腈，猛烈混匀 2、静置5min 3、13000rpm，4℃， 4、取上清 5、液氮吹干 6、加入60ul 乙腈：水=1：1 溶液 高丰度蛋白去除后还可引入酶解试验。 二、GC-MS代谢组学 仪器： Agilent7890/5975? 气-质联用仪 分析步骤： 样品准备： 参见LC-MS样品准备。 三、NMR代谢组学 仪器： NMR Varian Inova600MHz（配置超低温探头）/NMR Bruker AVANCE II 600MHz。 相关结果图谱问题： ?????NMR试验有很多脉冲序列，不一样试验能够选择检测不一样分子，即进行谱编辑。CPMG试验能够将大分子过滤，谱图上剩下关键是小分子信号。BPP-LED试验能够将小分子滤去，留下大分子信号。而通常1H－NMR谱则同时包含大分子和小分子信号，不过有些小分子信号则会掩藏在大分子信号下面。假如没有尤其需要关注部分化合物（小分子or大分子）那么提议采取通常1H－NMR谱。 二维图谱取是1H-1H TOCSY