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第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍 在本章中我们首先介绍一下一个典型的 diamond 3 界面上所有选项的基本功能。 一个典型的 diamond 3 的界面 打开 文件夹中的 pyrene.cif 文件（上图所示） 。 第一节 File 菜单系列 1.1 File 菜单简介 File 菜单系列，包括 Windows 系统常规的几种选项（如图 2 所示。） 图 1.2 File 菜单系列 1.2 常用选项 1.2.1Open 选项 点击该选项，可以看到 diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图 3 所示）。 图 1.3 Diamond 3 支持的阅读格式 前三项是该公司开发的 Diamond 及 Endeavour 软件的默认格式。其中 Cif 文件格式最 为通用。 ICSD/Crystin 及 CSD-FDat 是两个晶体学数据库输出的文件格式。 Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。 常用的格式还包括笛卡儿 xyz 座标格式， 这在构建特 殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。 1.2.2 Save 选项 这里默认的保存格式是 Diamond 3 Document （ *.diamdoc ）格式。 1.2.3 Save as 选项 共包括三个次级选项： 图 1.4 Diamond 3 Save as 的三个次级选项 在实际应用中，前两项功能相似，我们以 Save Document As 为例进行介绍： Save Document As 提供 14 种文件格式： 图 1.5 Diamond 3 支持的 14 结构储存格式 前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项 *.diamdoc 。通常在我们处理一 个较为复杂的结构时， 一次无法完成或者以后仍需要修改时， 必须保存成该格式。 该格式详 细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等） ，demo 版不提供该格 式的保存。 其它格式则通常并不实用。需要指出的是，有时为了统计自建模型（比如在抽象 拓扑结构时， 统计两种或多种拓扑类型的比例） 中原子的个数及比例， 可以保存为 cif 格式。 图 1.6 Diamond 3 支持的 6 种图片储存格式 Save Graphic As: 本功能提供了图片保存功能，共包含了 6 种图片格式。我们通常需要使用的是 bmp 格式（位图格式，文件通常较大，在 word 中缩放会导致分辨率降低） 、 jpg 格式（文件较小，在 win office 软件中可以任意缩放而不改变分辨率） 、tif 格式（是很多杂志要求的图片格式，易于编辑和处理） 。为实现 diamond 与 3D Max 软件的交叉使用，还需要掌握另外一种文件保存格式，即 wrl 格式，该格式也保留了创作者构建的所有信息，而不只是结构单元。 第二节 Edit 菜单系列 2.1 Edit 菜单简介 Edit 菜单主要包括结构及其模式类型的选择、复制和粘贴 图 2.1 Edit 菜单主要选项 2.2 常用功能 2.2.1 Undo 与 Redo 典型的 windows 界面选项，不需要过多说明，只是要注意，在计算机内存较小而图片 由异常复杂时，可能造成死机。 2.2.2 Copy 及 Paste 选项 本功能提供了两种功能 （1） 复制屏幕所显示的图片，可以粘贴在其它文档中，比如常用的 office 文档中。 图 2.2 Copy 选项的结构复制功能 （2）复制屏幕显示的结构包括各种详细信息，粘贴到另一个打开的 diamond 3 文档中，该 功能可以实现结构的对接， 但是必须要注意的是不同结构可能由于空间群的不同无法实现对 接，这是可以采用如下的方法： 新建一个空文档 打开 C60 结构文件：调解两个窗口的大小以适合显示： 直接复制 结构，粘贴到 pyrene 文档中，无法实现，相反的复制 -粘贴过程也被警告无法进行。提示如 下（图 2.3）：  C60 图 2.3 结构复制时对称操作信息必须考虑 图 2.4 结构复制时消除对称操作 通过对 pyrene 文档 StructureRemove Translational Symmetry （图 2.4）消除了对称操作后，选择，复制并粘贴 C60 结构，得到如下结果： 图 2.5 结构的对接 很明显，这时新的结构并没有任何对称操作，需要增加对称操作。那么，反过来，将消 除了对称操作的 pyrene 粘贴到 C60 文档中，仍然不被允许。对接的技巧，读者可以自己试 验，这样不必在设计结构时一个一个原子的输入，大大节省了我们的时间。 Paste 选项仅仅 能实现结构的粘贴，并不能实现外部数据（如图片或结构）的导入。 2