核盘菌低毒菌株SZ-150携带RNA病毒分子特性及卫星RNASatH生物学功能研究.pdfVIP

核盘菌低毒菌株SZ-150 携带RNA 病毒分子特性及卫星RNA SatH 生物学功能研究 目 录 摘要 I ABSTRACT IV 缩略词表VIII 第一章 文献综述 1 1 核盘菌的研究进展 1 1.1 核盘菌的生物学特性及菌核病的防治 1 1.2 由核盘菌引起的菌核病的防治策略2 1.3 核盘菌的致病机理4 1.3.1 草酸5 1.3.2 植物细胞壁降解酶6 1.3.3 侵染垫7 1.3.4 其它相关致病因子8 2 核盘菌内真菌病毒研究9 2.1 核盘菌内的真菌病毒研究进展9 2.2 核盘菌与病毒间的相互作用 12 3 真菌RNAi 与真菌病毒的研究进展 14 3.1 RNA 沉默机制 14 3.2 真菌内RNAi 抗病毒机制的研究 15 4 病毒卫星RNA 的研究进展 19 5 核盘菌弱毒菌株SZ-150 及其携带病毒的研究进展24 6 本研究的目的与意义25 第二章 核盘菌低毒菌株SZ-150 中病毒挖掘及鉴定26 1 引言26 2 材料与方法27 2.1 试验材料27 2.1.1 试验菌株27 2.1.2 培养基27 2.2 试验方法27 2.2.1 核盘菌总RNA 的提取27 2.2.2 第一链cDNA 合成28 2.2.3 核盘菌子囊盘的诱导和子囊孢子的收集28 2.2.4 核盘菌的生物学性状测定29 2.2.5 小RNA 深度测序29 2.2.6 小RNA 的生物信息学分析30 I 华中农业大学2019 届博士研究生学位论文 2.2.7 病毒全长序列的克隆及序列拼接30 2.2.8 PCR 扩增产物的T-A 克隆与测序31 2.2.9 病毒的系统进化树构建31 2.2.10 RT-PCR 检测菌株内所含病毒情况32 3 结果与分析32 3.1 小RNA 深度测序结果分析32 3.2 小RNA 序列的拼接及SZ-150 内所含病毒的鉴定33 3.3 SsBV3/SZ-150 全长cDNA 序列的克隆与分析33 3.4 SsBV3/SZ-150 的系统发育分析34 3.5 SsMTV1/SZ-150 全长cDNA 序列的克隆与分析35 3.6 SsMTV1/SZ-150 的系统发育分析36 3.7 菌株SZ-150 中病毒SsBV3 和SsMTV1 来源的小RNA 分析40 3.7.1 SsBV3/SZ-150 来源的vsRNAs 数量统计40 3.7.2 SsMTV1/SZ-150 来源的vsRNAs 数量统计41 3.7.3 vsRNAs 的5’端碱基偏好性分析41 3.7.4 病毒产生vsRNAs 的热点区域分布43 3.8 病毒SsBV3 和SsMTV1 对寄主核盘菌生物学特性的影响44 4 结论与讨论46 第三章 SSHV1 的卫星RNA SATH 的功能研究50 1 引言50 2 材料与方法50 2.1.1 试验菌株50 2.1.2 试剂和培养基51 2.2 试验方法52 2.2.1 卫星RNA SatH 的侵染性克隆载体构建52 2.2.2 卫星RNA SatH 的植物表达载体构建53 2.2.3 实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR, qRT-PCR) 53 2.2.4 农杆菌菌株电击转化感受态细胞的制备及电击转化53 2.2