甘蓝型油菜油脂合成遗传机制解析和EMS突变体库构建.pdfVIP

甘蓝型油菜油脂合成遗传机制解析和EMS 突变体库构建 目 录 摘 要 i Abstract iii 缩略语表vi 第一章 甘蓝型油菜油脂合成遗传机制解析 1 1 前言 1 1.1 植物油脂的生物合成 1 1.2 含油量的遗传调控模式 3 1.3 含油量的分子机制研究进展 5 1.3.1 利用反向遗传学的含油量研究进展 5 1.3.2 利用正向遗传学的含油量研究进展 8 1.4 全基因组关联分析 8 1.4.1 全基因组关联分析原理 8 1.4.2 全基因组关联分析在作物中的应用 9 1.4.3 甘蓝型油菜的全基因组关联分析研究进展 10 1.5 全转录组关联分析 12 1.6 本研究的目的和意义 13 2 材料与方法 15 2.1 实验材料 15 2.2 质粒载体和菌株 15 2.3 田间试验和表型数据采集 15 2.4 基因组重测序数据分析 16 2.5 含油量的全基因组关联分析 (GWAS) 16 2.6 祖先等位基因的确定 16 2.7 转录组测序和含油量的转录组关联分析 (TWAS) 16 2.8 表达量数据的独立成分分析 (ICA) 17 2.9 含油量候选基因的综合打分 17 2.10 含油量候选基因PMT6 的功能验证 17 2.10.1 总RNA 的提取、检测及浓度测定 17 华中农业大学2020 届博士研究生学位（毕业）论文 2.10.2 反转录18 2.10.3 载体的构建18 2.10.4 拟南芥的遗传转化与除草剂筛选20 2.10.5 油菜的遗传转化20 2.10.6 转基因苗的DNA 提取21 2.10.7 转基因苗的PCR 鉴定22 2.10.8 转基因苗的qRT-PCR 22 2.10.9 CRISPR 材料的测序鉴定22 2.10.10 拟南芥突变体的种植和鉴定23 2.10.11 种子脂肪酸酸的气相色谱分析23 2.10.12 含油量的近红外分析23 2.10.13 油菜PMT6 OE 材料的基因富集分析23 3 结果与分析24 3.1 基因组变异图谱、群体结构和连锁不平衡24 3.2 遗传多样性分析24 3.3 油菜含油量的全基因组关联分析26 3.4 QTL 效应检测29 3.5 含油量QTL 选择分析30 3.6 全转录组关联分析解析油菜油脂合成的机制31 3.6.1 含油量的转录组关联分析31 3.6.2 转录组表达模块分析34 3.7 基因富集分析解析油菜油脂合成机制40 3.8 qOC.A05.3 和qOC.C05.3 位点候选基因的确定42 3.9 含油量关键因子调控PMT6 44 3.10 PMT6 的功能初步解析45 3.10.1 pmt6 突变体鉴定45 3.10.2 PMT6 超表达载体的构建46 3.10.3 PMT6 的CRISPR 载体构建47 3.10.4 含油量表型确定48 甘蓝型油菜油脂合成遗传机制解析和EMS 突变体库构建