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利用转录组解析油菜苗期响应干旱和盐胁迫的分子机制 目 录 摘 要i Abstract iii 缩略语表v 1 文献综述 1 1.1 作物响应干旱胁迫机理 1 1.2 参与逆境胁迫响应的转录因子2 1.3 作物响应盐胁迫机理及褪黑素在作物抗逆研究中的应用 10 1.4 油菜抗（耐）干旱研究及转录组学在油菜抗逆研究中的应用 12 1.5 长链非编码RNA （lncRNA ） 15 1.5.1 LncRNA 的介绍 15 1.5.2 LncRNA 的特点 15 1.5.3 LncRNA 在植物抗逆中的研究进展 16 1.6 本研究的目的与意义 17 2 试验1 不同基因型油菜在干旱胁迫和复水条件下lncRNA 表达谱分析 18 2.1 前言 18 2.2 材料与方法 18 2.2.1 试验材料 18 2.2.2 干旱胁迫及复水处理 19 2.2.3 生理参数测定 19 2.2.4 RNA 提取、文库制备和测序 19 2.2.5 映射到参考基因组、基因表达水平的量化和差异表达分析20 2.2.6 LncRNA-mRNA 共表达网络的构建21 2.2.7 差异表达lncRNAs 靶基因的功能分类21 2.2.8 实时荧光定量PCR （qPCR ）分析21 2.3 结果与分析22 2.3.1 干旱胁迫和复水处理下油菜幼苗的表型22 2.3.2 干旱胁迫和复水条件下差异表达的lncRNAs 和mRNAs23 2.3.3 通过实时荧光定量PCR （qPCR ）分析对测序数据进行验证25 I 华中农业大学2020 届博士研究生学位（毕业）论文 2.3.4 基于 lncRNA-mRNA 共表达网络的差异表达 lncRNAs 的功能研究 26 2.3.5 在干旱胁迫和复水条件下的转录因子表达分析34 2.4 讨论35 2.4.1 干旱和复水条件下差异mRNAs 和lncRNAs 的表达36 2.4.2 在GO 和KEGG 途径中特异富集的差异表达lncRNAs 37 2.4.3 使用lncRNA-mRNA 共表达网络分析植物信号转导38 2.4.4 转录因子在干旱胁迫和复水条件下发挥作用43 2.4.5 其他参与干旱胁迫和复水的lncRNAs44 3 试验2 褪黑素处理提高油菜耐盐性机理的研究46 3.1 前言46 3.2 材料与方法46 3.2.1 试验材料46 3.2.2 盐胁迫及褪黑素处理46 3.2.3 生理参数及激素含量测定47 3.1.4 RNA 提取、cDNA 文库构建和Illumina 测序47 3.2.5 映射到参考基因组、基因表达水平的量化和差异表达分析48 3.2.6 GO 功能富集分析48 3.2.7 KEGG 富集分析48 3.2.8 实时荧光定量PCR （qPCR ）分析49 3.3 结果与分析49 3.3.1 在对照、盐胁迫和褪黑素处理下油菜幼苗表型分析49 3.3.2 不同处理对地上部激素含量的影响50 3.3.3 RNA 测序和数据分析51