杜洛克、长白和大白仔猪断奶前不同发育时期胫骨的转录组学研究.pdfVIP

杜洛克、长白和大白仔猪断奶前不同发育时期胫骨的转录组学研究 目录 摘 要i 关键词 iii Abstract iv Keywords vii 缩略词表 viii 1.前言 1 1.1 研究问题的由来 1 1.2 文献综述2 1.2.1 骨发育的概述2 四肢骨骼的发育3 骨相关的通路3 1.2.2 肢蹄病的研究进展6 猪肢蹄结实度7 猪软骨病8 1.2.3 转录组分析9 1.3 研究目的和意义 10 2.材料和方法 11 2.1 技术路线 11 2.2 试验材料 11 2.2.1 实验动物 11 2.2.2 组织样品 12 2.2.3 试验主要仪器和设备 12 2.2.4 试验主要药品和试剂 13 2.2.5 试验常用试剂的配制 13 2.2.6 主要应用的网站、数据库和软件 14 2.3 试验方法 14 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 2.3.1 试验样品的采集 14 2.3.2 RNA 提取方法 15 2.3.3 转录组测序 16 RNA 提取与检测 16 文库构建与质检 16 上机测序 16 2.3.4 生物信息学分析 17 数据质控 17 序列比对 17 差异表达基因的筛选 17 GO 和基因通路富集分析 17 WGCNA 分析 18 2.3.5 组织切片的制备与观察 18 骨组织切片制备 18 HE 染色 19 切片观察与图像采集 19 2.3.6 血清生化指标 CTX 的酶联免疫吸附剂测定 19 ELISA 的基本原理 19 实验过程20 结果计算20 2.3.7 血清生化指标 ALP 测定方法21 2.3.8 RT-qPCR 验证21 荧光定量PCR 引物设计21 反转录合成cDNA 22 引物稀释与验证23 荧光定量24 结果计算25 3.结果26 II 杜洛克、长白和大白仔猪断奶前不同发育时期胫骨的转录组学研究 3.1 不同日龄仔猪胫骨切片观察26 3.2 不同日龄仔猪骨重建相关血清生化指标分析27 3.3 不同日龄仔猪胫骨转录组学分析29 3.3.1 样品RNA 和测序数据的质量检测29 3.3.2 差异表达基因（DEG ）31 杜洛克仔猪胫骨1 日龄与28 日龄之间的DEGs 31 长白仔猪胫骨1 日龄与28 日龄之间的DEGs 33 大白仔猪胫骨1 日龄与28 日龄之间的DEGs 35 差异表达基因在品种间的关系37 3.3.3 差异表达基因GO 富集分析39 杜洛克仔猪胫骨差异表达基因GO 富集39 长白仔猪胫骨差异表达基因GO 富集40 大白仔猪胫骨差异表达基因GO 富集40 3.3.4 差异表达基因KEGG 富集41 杜洛克仔猪胫骨差异表达基因KEGG 富集41 长白仔猪胫骨差异表达基因KEGG 富集42 大白仔猪胫骨差异表达基因KEGG 富集43 差异表达基因KEGG 富集结果在品种间的关系44 3.3.5 品种间共有差异表达基因功能富集44 3.3.6 加权基因共表达网络分析（WGCNA ）45 共表达网络模块的建立46 模块分层的检测47 模块与性状之间的相关性分析48 影响胫骨发育关键模块基因的分析50 影响胫骨发育关键模块的Hub 基因51 3.4 RT-qPCR 验证53 4.讨论54 4.1 不同日龄间仔猪胫骨骨小梁密度存在差异54 III 华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 4.2 不同日龄间仔猪血清中骨特异标记物存在差异54 4.3 影响仔猪胫骨发育的候选基因55 4.3.1 影响杜洛克仔猪胫骨发育