武汉东湖和汤逊湖沉积物中Comammox菌生物多样性和丰度研究.pdfVIP

武汉东湖和汤逊湖沉积物中Comammox 菌生物多样性和丰度研究 目 录 摘 要 i ABSTRACT iii 1 前言 1 1.1 湖泊中的氨氧化过程 1 1.2 湖泊中的传统氨氧化微生物 2 1.2.1 氨氧化细菌 2 1.2.2 氨氧化古菌 4 1.2.3 厌氧氨氧化菌 5 1.3 新型氨氧化微生物-Comammox 菌 7 1.3.1 Comammox 菌的发现及其环境效应 7 1.3.2 Comammox 菌在环境中的多样性 8 1.3.3 Comammox 菌与其它氨氧化微生物的生态关系 9 2 研究目的与研究内容 11 2.1 研究目的与意义 11 2.2 研究内容 11 2.3 技术路线 12 3 东湖Comammox 菌多样性及丰度的研究 13 3.1 实验材料与方法 13 3.1.1 样品的采集及保存 13 3.1.2 实验仪器及试剂 14 3.1.3 理化因子的测定 15 3.1.4 沉积物DNA 的提取 15 3.1.5 Comammox amoA 基因PCR 扩增 16 3.1.6 克隆测序 17 3.1.7 荧光定量PCR 18 3.1.8 系统发育及数据分析 19 3.1.9 Comammox amoA 基因序列号 19 3.2 研究结果与分析 21 3.2.1 东湖水体与沉积物的理化性质 21 3.2.2 东湖Comammox 菌系统发育分析 24 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位论文 3.2.3 东湖氨氧化微生物丰度26 3.2.4 东湖氨氧化微生物丰度与环境因子的相关性分析32 3.3 讨论33 3.3.1 东湖Comammox 菌多样性分析33 3.3.2 各湖区水质对氨氧化微生物丰度的影响34 3.3.3 氨氧化微生物丰度的影响因素34 3.3.4 氨氧化微生物共存关系分析35 3.4 小结36 4 汤逊湖Comammox 菌多样性及丰度的研究37 4.1 实验材料与方法37 4.1.1 样品的采集及保存37 4.1.2 实验仪器及试剂38 4.1.3 理化因子的测定38 4.1.4 沉积物DNA 的提取38 4.1.5 Comammox amoA 基因PCR 扩增38 4.1.6 克隆测序38 4.1.7 荧光定量PCR 39 4.1.8 系统发育及数据分析39 4.1.9 Comammox amoA 基因序列号39 4.2 实验结果与分析39 4.2.1 汤逊湖水体与沉积物的理化性质39 4.2.2 汤逊湖Comammox 菌系统发育分析43 4.2.3 汤逊湖氨氧化微生物q-PCR 分析44 4.2.4 汤逊湖氨氧化微生物丰度与环境因子相关性分析46 4.3 讨论4