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PRRSV 感染对通城猪和大白猪靶细胞和外周免疫器官等位基因特异性表达的影响 目 录 摘 要I ABSTRACT III 缩略词表VI 1 前言 1 1.1 研究问题的由来 1 1.2 文献综述 2 1.2.1 等位基因特异性表达概述 2 1.2.2 等位基因特异性表达的调控 4 1.2.3 等位基因特异性表达的研究方法 6 1.2.4 病毒感染影响等位基因特异性表达 7 1.2.5 PRRS 与PRRSV 2 1.2.6 不同品种对PRRSV 的抗性 3 1.2.7 PRRSV 感染后相关的免疫通路 7 1.6 研究目的和意义 9 2 材料与方法 10 2.1 技术路线 10 2.2 数据来源 10 2.2.1 通城猪和大白猪转录组数据来源 10 2.2.2 通城猪和大白猪基因组数据来源 11 2.3 利用两品种转录组数据进行SNP CALLING 12 2.3.1 对RNA-Seq 中clean reads 进行短序列比对 12 2.3.2 对转录组数据的bam 文件进行处理 13 2.3.3 转录组的SNP calling 及过滤 13 2.4 利用两品种基因组数据进行SNP CALLING 14 2.4.1 对基因组clean reads 进行短序列比对 14 2.4.2 对基因组数据的bam 文件进行处理 14 2.4.3 基因组的SNP calling 及过滤 14 2.5 通城猪和大白猪靶细胞和外周免疫器官全基因组等位基因特异性表达的鉴定 14 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 2.5.1 等位基因特异性表达位点的鉴定14 2.5.2 等位基因特异性表达基因的注释15 2.6 ASE 水平的分析15 2.7 ASE 基因的富集分析16 2.8 主要仪器设备16 2.9 主要分析软件及其网址16 3 结果17 3.1 等位基因特异性表达基因的分析17 3.1.1 基因组与转录组共有的杂合型SNP 的筛选及其分布17 3.1.2 ASE 基因的分析结果18 3.1.3 两品种靶细胞和外周免疫器官中ASE 水平20 3.2 肺泡巨噬细胞ASE 基因的差异分析21 3.2.1 通城猪肺泡巨噬细胞感染前后的ASE 的差异分析21 3.2.2 大白猪肺泡巨噬细胞感染前后的ASE 的差异分析23 3.2.3 通城猪和大白猪两品种肺泡巨噬细胞ASE 的差异分析25 3.3 腹股沟淋巴结ASE 基因的差异分析26 3.3.1 通城猪腹股沟淋巴结感染前后的ASE 的差异分析26 3.3.2 大白猪腹股沟淋巴结感染前后的ASE 的差异分析28 3.3.3 通城猪和大白猪两品种腹股沟淋巴结ASE 的差异分析29 3.4 脾脏ASE 基因的差异分析31 3.4.1 通城猪脾脏感染前后的ASE 的差异分析31 3.4.2 大白猪脾脏感染前后的ASE 的差异分析33 3.4.3 通城猪和大白猪两品种脾脏ASE 的差异分析34 3.5 不同组织的ASE 差异分析36 3.5.1 通城猪和大白猪对照组不同组织间共有的ASE 基因的分析36 3.5.2 通城猪和大白猪对照组不同组织间特有的ASE 基因的分析38 3.6 与PRRSV 抗病性相关候选ASE 基因41 4 讨论45 4.1 关于研究ASE 分析方法的讨论45 4.2 ASE 的组织特异性45 II PRRSV 感染对通城猪和大白猪靶细胞和外周免疫器官等位基因特异性表达的影响 4.3 ASE 的品种特异性 45 4.4 关于病毒感染对ASE 的影响的讨论 46 4.5 ASE 对PDGFRB 基因功能的影响的讨论 47 5 全文总结 49 5.1 本研究的主要结论 49 5.2 本研究的特色与创新点 49 5.2.1 本研究的特色 49 5.2.2 本研究的创新点 49 5.3 本研究