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精细定位水稻深根比数量性状位点qRDR-5 目录 摘要i Abstract ii 缩写名词表iv 1 前言 1 1.1 节水抗旱稻的研究意义 1 1.2 水稻抗旱性研究进展2 1.2.1 水稻适应干旱的机制2 1.2.2 水稻抗旱性鉴定的方法4 1.2.3 水稻抗旱性的评价指标5 1.3 水稻根系研究进展6 1.3.1 水稻根系研究意义6 1.3.2 水稻根系研究方法7 1.3.3 水稻深根比研究进展 10 1.4 QTL 定位 13 1.4.1 分子标记类型 13 1.4.2 传统的QTL 定位 15 1.4.3 关联分析 16 1.4.4 QTL-seq 18 1.5 本研究目的和意义 19 2 材料与方法 19 2.1 供试材料 19 2.2 多态性分子标记的开发20 2.3 重组交换单株的筛选20 2.4 DNA 提取及PCR 扩增21 2.5 聚丙烯酰氨凝胶电泳检测InDel 和SSR 标记22 2.6 高分辨率溶解曲线检测SNP 标记22 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位 （毕业）论文 2.7 深根比的检测23 2.8 数据分析24 2.9 水稻组织取样24 2.10 RNA 提取和反转录24 2.11 Real-time PCR 25 3 结果与分析26 3.1 多态性分子标记的筛选26 3.2 重组交换单株筛选28 3.3 qRDR-5 的精细定位29 3.4 候选基因分析37 4 讨论42 4.1 候选基因功能预测42 4.2 精细定位数量性状位点43 4.3 根系表型鉴定方法45 4.4 分子标记辅助育种46 参考文献47 附录60 附录I.重组交换单株列表60 附录II.试剂配方92 附录III.营养液配方93 致谢94 II 精细定位水稻深根比数量性状位点qRDR-5 摘要 水稻 （Oryza sativa L.）是最重要的粮食作物之一，全球半数以上的人口以水 稻为主食。水资源是水稻生产的核心要素，水稻生产消耗的水资源占农业用水的 70%，缺水将严重制约水稻生产。全球变暖持续加剧，干旱程度日益加重，干旱 已经成为水稻生产的主要限制因素之一，因此培育和推广节水抗旱稻 （water- saving and drought-resistance rice, WDR ）具有重大意义。深根比是避旱性的重要 内容，定位并克隆水稻深根比基因有助于水稻抗旱分子机制解析和节水抗旱稻育 种。本实验室利用水陆稻品种杂交，构建了两个F2 群体 （BSA10 和BSA9 ），通 过QTL-seq 方法在两个群体的5 号染色体上 29957422 ，3.57 Mb ）均 定位到一个深根比QTL，且物理位置重合，命名为qRDR-5 。本研究将进一步对 其进行精细定位，主要结果如下： 1. 本实验在目标区间内共预测了277 个呈均匀分布的分子标记，通过多态 性筛选，获得37 对多态性良好的标记用于精细定位。