人纤溶酶原Kringle5与电压依赖性阴离子通道蛋白VDAC1的相互作用研究.pdfVIP

摘要 摘要 恶性肿瘤已成为威胁人类生命健康的重大疾病之一。现有研究证实，人纤溶酶原 Kringle 5 通过与电压依赖性阴离子通道蛋白VDAC 1 相互作用来诱导细胞凋亡，抑制 肿瘤增长。但二者之间具体的相互作用尚不清楚。对此，本研究采用分子动力学模拟 和实验相结合的方法，对人纤溶酶原Kringle 5 与VDAC 1 的相互作用机理进行了研 究。 利用分子动力学模拟得到二者相互作用的轨迹。对两者相互作用的氨基酸分析， 发现二者通过氢键，静电力与范德华力相互作用，对构象变化进行分析，发现复合物 268VAL 269ASN 270ALA 165THR 166GLN 167SER β 中由 ， ， 与由 ， ， 构成的 片层消 失变为无规则卷曲；由162SER ，163ARG，164VAL 与由327PRO，328GLU ，329THR 构成的无规则卷曲变为了小的β片层，且163ARG，166GLN 分别通过氢键与Kringle 5 中的361TYR 和357PRO 产生作用。 对结合能量进行了分析并分解，发现二者的结合可以自发进行，且静电力为二者 相互作用的主要驱动力，29GLU 为二者相互作用的关键氨基酸。对关键氨基酸进行 了突变研究，也从反面验证了二者之间存在相互作用。 实验方面采用了前沿色谱法和表面等离子共振来研究。结果表明Kringle 5 能与 VDAC 1 发生相互作用。前沿色谱中，结合常数采用两种方法计算得到分别为3.63 × 6 6 4 10 L/mol 3.5 10 L/mol SPR 1.63 10 L/mol ， × ，用 法得到的结合常数为 × 。这些参数均 能从实验方面验证VDAC 1 与Kringle 5 之间的相互作用。 关键词：Kringle 5，VDAC 1，分子动力学模拟，前沿色谱法 I 目录 目录 摘要 I ABSTRACTIII 第一章 绪论 1 1.1 前言 1 1.2 人纤溶酶原Kringle 52 1.3 电压依赖性阴离子通道蛋白4 1.4 前沿色谱法 6 1.5 表面等离子体共振 6 1.6 分子对接 7 1.7 分子动力学模拟 8 1.7.1 分子动力学模拟简介 8 1.7.2 分子动力学模拟的一般步骤 9 1.8 Kringle 5 与VDAC 1 的相互作用研究情况 11 1.9 研究内容与意义 11 第二章 动力学模拟VDAC 1 与Kringle 5 的相互作用 13 2.1 体系的构建 13 2.1.1 Kringle 5 与VDAC 1 的对接 13 2.1.2 模拟体系的准备 14 2.2 模拟过程 17 2.3 模拟体系的稳定性分析 17 2.4 活性中心分析 18 2.5 相互作用的氨基酸分析 19 2.6 Kringle 5 结合前后的构象变化22 2.7 VDAC 1 结合前后的构象变化24 2.4 小结28 第三章 结合自由能及突变分析29