5.2蛋白质的二级结构-03-软件预测.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） 蛋白质的二级结构：软件预测 我们已经知道了如何获得那些已知空间结构的蛋白质的二级结构信息。但是，已知空间 结构的蛋白质在 PDB 数据库里毕竟只有 10 万多个。然而，UniprotKB 数据库里却有几百万 条蛋白质序列。也就是说，绝大多数蛋白质的空间结构还都未知。这些蛋白质的二级结构又 如何知晓呢？这，就需要用计算机软件来预测蛋白质的二级结构。预测的结果和真实情况会 有一定出入，究竟差多少，取决于预测软件的准确度。可以预测蛋白质二级结构的软件很多， 而且都可以在线使用。表 1 列出了一些常用的在线预测软件。 软件名称 网址链接 PSIPRED http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred Jpred3 pbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ PREDICTPROTEIN / SSpro / PSSpred /PSSpred/ PREDATOR http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::predator GOR V / 表 1. 常用蛋白质二级结构预测软件 我们以 PSIPRED 为例，看看如何从氨基酸序列预测二级结构（图 1）。PSIPRED （http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred）是一个蛋白质序列分析平台，它不仅可以预测二级结构， 还有很多其他分析功能，比如预测三级结构。选择第一个“PSIPRED”工具，即，预测蛋白 质二级结构的工具。输入的氨基酸序列（见附件 psipred.fasta）在 PDB 数据库中已有对应的 空间结构（PDB ID：3CIG），因此二级结构也是已知的。之所以输入这样一条序列，是为 了将预测结构和真实结构进行比较，从而评估一下软件的预测准确度如何。预测一般需要 30 分钟。可在线等待结果，也可以查收结果邮件。需要注意的是，像大多数在线软件一样， PSIPRED 不支持免费的商业邮箱，比如 hotmail 或者 QQ 邮箱等。此外，最好给预测任务起 个名字。最后，点击“Predict”。 图 2. PSIPRED 预测工具输入界面 预测结果页面 Summary 标签下的内容如图 3 所示，，粉红色的位置是α螺旋出现的位置， 黄色的是β折片，没有底色的是松散的 coil 结构。如果预测出有错乱的结构也会被标出。目 前的二级结构预测软件，都只能预测出α螺旋和β折片，对其他不常见的二级结构单元并不进 行预测。 图 3. PSIPRED 预测工具结果界面 Summary 标签 结果页面中，PSIPRED 标签下有全面的结果描述（图 4）。描述一共有四行，最下面是 一级结构序列，往上是二级结构序列，再往上是二级结构图形化的描述，最上面的柱状图反 应的是每个位置预测的可信度。 图 4. PSIPRED 预测工具结果界面 PSIPRED 标签 从结果页面的 Download 标签下可以下载纯文本格式的结果文件。纯文本格式的结果更 利于下一步分析加工。