5.4三级结构可视化软件VMD-03-multiple representations.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第一部分） 三级结构可视化软件 VMD：multiple representations VMD 可以设置多个 representations （简称rep），也就是将多个显示状态的试试 效果叠加在一起（图 1）。 设置第一个 rep：当前处于编辑状态下的 rep 背景色为浅绿色。设置 Drawing Method 为 NewCartoon，Coloring Method 为 Secondary Structure，Selected Atoms 为“all”，回车（或点击右下角 Apply 按钮）。 创建第二个 rep：点击 Create Rep。点击后，复制产生了和第一个一摸一样的第二 个 rep。浅绿色背景自动跳转到第二个 rep，即目前第二个 rep 处于可编辑状态。设置 Drawing Method 为 cpk，Coloring Method 为 colorid，并选择选“1 red”（红色）， Selected Atoms 为“resname PRO”，回车（或点击右下角 Apply 按钮）。 设置两个 representations 后，蛋白质中的所有脯氨酸就以红色的原子球的形式叠 加显示在以二级结构着色的碳骨架上了。 图 1. 设置两个 representations 创建第三个 rep：点击 Create Rep。设置 Drawing Method 为 Surface，Coloring Method 为 colorid，并选择选“8 white”（白色），Selected Atoms 为“all”，回 车（或点击右下角 Apply 按钮）。此时，可以看到填满肉的蛋白质，也就是蛋白质的外表面。 继续设置 Coloring Method 右侧的 Material （材质）为Transparent （透明材质）。 如果显卡支持，可以打开 GLSL 显示模式：主窗口中点 DisplayRendermode选中 GLSL。 GLSL 打开后的 Transparent Surface 变得更加柔美了。 图 2. 设置三个 representations 及 GLSL 显示模式 如果要删除某一个 rep，比如删除第二个 rep，需要先选中它（选中后背景色变为浅 绿色），再点击 Delete Rep，就删掉了。或者你可以双击某一个 rep，比如双击第三个 rep，将其暂时隐藏，等需要的时候再双击它取消隐藏。 图 3. 删除和隐藏 representation 当 把 蛋 白 质 结 构 的 显 示 效 果 调 整 到 比 较 满 意 的 状 态 后 ， 可 以 保 存 当 前 所 有 的 representations （注意保存的是显示状态，而不是结构）：主窗口中点击FileSave Visualization State保存在桌面上，起名叫 mystate.vmd。接下来关闭 VMD 再重 新打开。这次我们不需要 Load 蛋白质结构，分别设置三个 rep，我们只需要直接载入刚刚 保 存 的 mystate.vmd ， 即 可 恢 复 刚 刚 的 显 示 状 态 ： 主 窗 口 中 点 击 File Load Visualization State找到并打开 mystate.vmd。这时，之前保存的显示状态就自 动显示出来了。