5.5计算方法预测三级结构-01-介绍.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 计算方法预测三级结构：介绍 通过 VMD 等三维可视软件可以看到了蛋白质的立体三维结构。这些漂亮的结构是从哪 里来得呢？可以通过诸如 X 射线衍射法、核磁共振法、以及冷冻电子显微镜技术等实验方 法获得。但是这些实验方法普遍存在三个问题：（1）实验材料要求高，（2）实验仪器造价高， （3）实验耗时成本高。这也是为什么几百万个已发现的蛋白质序列中只有十万多个解析出 三维结构的原因。想要了解剩下那些蛋白质的结构，我们可以尝试利用计算机来预测。预测 出来的结构模型虽然不是蛋白质的真实结构，但是如果蛋白质本身基础好的话，预测模型会 十分接近它的真实结构。 相比实验方法，计算方法不存在上述三个问题。它对实验材料的要求只是一条氨基酸序 列而已，实验仪器就是一台计算机和一个稳定的网络。耗时成本也完全不用担心，快的五分 钟搞定，慢的三天之内也一定会有结果。 预测蛋白质的三级结构，常用的方法有从头计算法（ab initio），同源建模法（homolog modeling），穿线法（threading）和综合法（ensemble method）。一般的蛋白质都能用这几种 方法之一预测出三级结构，但也不排除特殊情况。如果这些常用的方法都不好用，那你可能 就得开发新软件了，这不在我们这门课的研究范围之内。我们这里只交给你如何从现有的方 法里，选择适合的软件，快速准确的预测出蛋白质三级结构。