狗獾和猪獾小肠比较转录组研究.pdf

摘要 摘要 狗獾（Meles meles ）和猪獾（Arctonyx collaris ）均属于食肉目（Carnivora ） 鼬科（Mustelidae ）獾亚科（Melinae ）。狗獾属于狗獾属（Meles ），猪獾属于猪獾 属（Arctonyx ）。狗獾与猪獾同为杂食性动物，并且具有相似的食性，但是在狗獾 和猪獾的解剖学研究中却发现猪獾有盲肠而狗獾无盲肠，盲肠在杂食性动物中的 作用是延长食物在小肠中的滞留时间。基于狗獾和猪獾小肠消化相似食物，但消 化时间不同的现象。我们假设它们的小肠发生了适应性分化，希望从狗獾和猪獾 的小肠比较转录组分析中找到它们适应性分化的证据，研究得到以下结果： 1、通过对三只狗獾和三只猪獾的小肠转录组测序，狗獾样品得到了8.04Gb 、 7.83Gb 、8.05Gb 的clean reads ；猪獾样品得到了9.02Gb 、8.22Gb 、8.45Gb 的clean reads 。分别对狗獾和猪獾样品拼接组装，狗獾样品获得了 335772 条转录本和 285159 条unigene ；猪獾样品获得了413917 条转录本和362075 条unigene 。 2 、我们使用七个数据库对unigene 进行了注释。对unigene 进行GO 分类时 发现，狗獾和猪獾的unigene 涉及消化方面有相同的三个条目；在KEGG 分类时 发现，狗獾和猪獾在Digestive system 亚类中分别有695 和611 个unigene ，涉及 9 个通路。表明在狗獾和猪獾的小肠中有大量与消化相关的基因被注释到。 3、通过对直系同源基因的选择压力分析，可以预测在两物种分化和进化过 程中发挥重要作用的基因。经过筛选共得到5227 对直系同源基因，包括473 对 divergent 直系同源基因和1263 对conserved 直系同源基因。 4 、我们对divergent 直系同源基因进行了GO 富集分析，结果显示分子功能 大类中有八个条目与酶活性有关，这说明狗獾和猪獾小肠中的 divergent 直系同 源基因与这几种酶活性相关；在KEGG 富集分析中发现，cAMP 和cGMP-PKG 信号通路分别被富集到6 个和8 个基因。cAMP 和cGMP-PKG 信号通路影响小 肠分泌和食物的转运，表明狗獾和猪獾小肠中的divergent 直系同源基因与小肠 的分泌和食物转运相关；Hippo 信号通路富集到五个基因，小肠吸收营养物质的 能力与其体积大小密切相关。Hippo 信号通路可以调控器官体积大小，且富集到 的五个基因分别与细胞的分裂、分化及生物体生长发育相关，表明狗獾和猪獾小 肠中的divergent 直系同源基因与器官体积大小的调控相关。 综上所述，狗獾和猪獾的小肠中的divergent 直系同源基因与多种酶活性、 小肠的分泌和食物转运以及小肠体积大小的调控相关，推测它们的小肠在这些方 面可能发生了适应性分化。 关键词：狗獾，猪獾，转录组，小肠，消化，直系同源基因 I Abstract Abstract Both ofEurasian badger (Meles meles) andHog-Badger(Arctonyx collaris)are classifiedunder order Carnivora,family Mustelidae, subfamilyMelinae.Eurasian badger belongs to Meles and Hog-Badger belongs to Arctonyx . Both Eurasian badger and hog-badger are omnivorous animals with similar feeding habits. However, anatomical studi