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精品文档 精品文档 可编辑 可编辑 测序常见问题及解决策略 一、 PCR 常见问题 1. 假阴性，不出现扩增条带 PCR 出现假阴性结果，可从以下几个方面来寻找原因： 模板：①模板中有杂蛋白；②模板中有 Taq酶抑制剂；③在提取制备模 板时丢失过多；④模板核酸变性不彻底。 酶：酶失活或反应时忘了加酶。 Mg 2+浓度： Mg 2+浓度过高可降低 PCR 扩增的特异性，浓度过低则影响 PCR 扩增产量甚至使 PCR 扩增失败而不出扩增条带。 反应条件：变性对 PCR 扩增来说相当重要， 如变性温度低， 变性时间短， 极有可能出现假阴性 ; 退火温度过低，可致非特异性扩增而降低特异性扩 增效率退火温度过高影响引物与模板的结合而降低 PCR 扩增效率。 靶序列变异：靶序列发生突变或缺失，影响引物与模板特异性结合，或 因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列，其 PCR 扩增是不会成功 的。 2. 假阳性 假阳性：出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致， 有时其条带更整 齐，亮度更高。常见原因有： 1 ) 引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性，因而在 进行 PCR 扩增时，扩增出的 PCR 产物为非目的性的序列。靶序列太短 或引物太短，容易出现假阳性。需重新设计引物。 2) 靶序列或扩增产物的交叉污染：这种污染有两种原因：一是整个基因组 或大片段的交叉污染， 导致假阳性。 这种假阳性可用以下方法解决： 操作 时应小心轻柔， 防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。 二是空气中 的小片段核酸污染， 这些小片段比靶序列短， 但有一定的同源性。 可互相 拼接，与引物互补后，可扩增出 PCR 产物，而导致假阳性的产生，可用 巢式 PCR 方法来减轻或消除。 3. 出现非特异性扩增带 PCR 扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现 特异性扩增带 与非特异性扩增带。 非特异性条带的出现， 其原因：一是引物 与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。二是 Mg2+ 离子浓度过高、 退火温度过低， 及 PCR 循环次数过多有关。 三是酶的质和量， 往往一些来源 的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现，酶量过多有时也会出现非 特异性扩增。其对策有：必要时重新设计引物。减低酶量或调换另一来源的 酶。降低引物量，适当增加模板量，减少循环次数。适当提高退火温度或采 用二温度点法。 4. 出现片状拖带或涂抹带 PCR 扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过 多或酶的质量差， dNTP 浓度过高， Mg2+ 浓度过高，退火温度过低，循环次 数过多引起。其对策有：减少酶量，或调换另一来源的酶。②减少 dNTP的 浓度。适当降低 Mg2+ 浓度。增加模板量，减少循环次数。 二、 一代测序结果常见问题及分析 原始数据图片为： 原始数据(raw) 1 ： 口 /平均信号瞞废：卩常范［^150 1500点；才孔说明测序反慝失败 /峰有无变畫 /旺右峰閒趕冷均衝 20K* Applied 日皿胡%啊 AH Riglhls Rewiwd 图1 分析后无干扰峰的常规序列图为: 图2 常见问题有: 1.钉子峰 钉子峰 产生原因：样品或毛细管内有气泡或灰尘、 结晶等固体小颗粒反射激光，所 以信号很高，而且所有波长（4色）都有。 解决办法：灌胶时不要产生气泡；使用过的毛细管在取下一段时间后， 重新 安装前要清洗；要经常擦去灰尘；样品纯化干净。 2. PCR产物测序时出现重叠峰 1）单一位点（图4）或两个位点（图5 ）的碱基缺失导致测序结果移码 G ； C C rs T C G I A G C G C T T CIHTTTTMGGNGG CCCTTG . GG C 图4 TG?. 37CG.I I7G M NCCSl：TTrfifl T(i? 7 SH T UT33^ CfrGTG ^T ■ C ■ X07GS3C X：C；GCCCTTC CT^ 产生原因：碱基缺失常见在PCR产物中，特别是从基因组中扩增得到的PCR 片段，如上图所示，单一位点或两个位点的缺失会导致测序结果移码， 影响碱基 的判读。 解决策略：①将PCR产物克隆到质粒（如T载体）中挑单克隆测序，或将 PCR产物进行PAGE纯化（至少琼脂糖充分电泳后切胶纯化）后再进行测序。 或使用反向引物继续测序，以矫正缺失位点并达到测通的目的。 ②如果可以确定 该PCR片段中不应该有缺失的位点，那么可以改变 PCR反应条件，重新扩增。 2）测序引物碱基缺失 CTT tur CC J.TKT^-.C - TCM： TTHG CTTC 1 CCWTTGRGK C?3TCC CC \. !! T 7 TC ^TFTG C CFTC7 图6 产生原因：测序引物有碱基