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ggplot2 给选定的分面加背景 我这个公众号不像大多数所谓的生信从入门到精通的 各种其实只是搬运点入门教程的群众喜闻乐见的东西。正如 我在《为什么要开这个公众号》里说的，这是小众的，有个 人色彩的各种原创文。我不可能像其它公众号一样招两小弟 当客服，很多人在后台向我扔来了许多的问题，由于个人精 力有限，只能优先解答「知识星球」的问题，上次写的《同 一数据多变量分组的 boxplot? 》，图虽然简单，却穿着好多 件马甲，而我把它扒光了给你看 ?? 上面这个图，你看着高大 上吧，我都可以吐它一脸口水。每一个有灰色背景的图，在 x 轴上 violin 都够到边界了， 其实所有的 violin 都够到了， 这 证明什么？每个 violin 之间其实不可比较！你能想像几个独 立的数据，在统一的 bin width 情况下，画 density curve ， 竟然最高点都一样高吗？显然可能性几乎为 0 。这个如果使 用 ggplot2 的话，可以使用 scale=width 强制拉成一样高， 但我不推荐，正如我前面说的，不可比较了。默认参数 scale=area ，积分面积一样，和 density curve 一样解析， 另外的参数 scale=count ，高度与计数同比例， 和 histogram 一样解析，而 scale=width 强制拉成一样高，如果没有在显 眼处说明，误导性太强。画这种图也可以手工拼，这样就简 单了。在你需要的情况下，加个灰色背景嘛，最后拼图嘛。 当然拼图不一定要在 illustrator 里拼，比如你用 grid ，先画 好坐标轴，然后水平上定义几个一样大的 viewport ，每一个 violin 都画在相应的 viewport 里面，对于画图函数来说， viewport 就是整个画布了(虽然只是画布里的一块区域) ， 所以你要么画 violin ，要么在画之前先画个矩阵，一路画下 来，代码可以直接生成这样的图，但这图每一个 violin 都是 独立画的 (当然也不是完全独立， 每一个水平上的 ylim 是有 统一的)，就算代码一步生成，也跟 illustrator 里拼没两样。 这里我要教你用 ggplot2 自动生成，其实解决思路早已推送 过，请看《 facet_plot ：加图层到特定分面，方法二》 ，也正 如我在《什么！你的图上有一双看不见的手》里说的，你们 以为我在教 ggtree ，其实同时在教 ggplot2 。这里有一个难 点是 y 轴不统一， 这会给画矩阵带来麻烦。 当然由于这个 2D 的图是分面的，所以每一个 panel只有1D，那么y轴的问 题可以通过占据整个画图 panel 来解决，另一个要解决的是 x 轴，你画矩阵要数值，而画 violin 的 x 轴是分类型数据， 这里需要变换一下，用数值来画图，最后在 x 轴用分类来标 识。 library(ggplot2) set.seed(123)d 1:5], 20, replace=T), y = sample(LETTERS[1:5], 50, replace=T), val = rnorm(1000))d$xx 1:5], y=LETTERS[1:5])d2$xx aes(xmin=xx-1/2, xmax=xx+1/2, ymin=-Inf, ymax=Inf), fill=grey) + geom_violin(data=d, aes(xx, val, fill=x)) + facet_grid(y~., scale=free) + scale_x_continuous(breaks=as.numeric(f), labels=f) + theme_bw() + theme(axis.text=element_text(size=12, face=bold, color=firebrick)) + xlab(NULL) + ylab(NULL) 这里为了大家看清 xy 轴，加大了 字体并且用红色，可以看出分面之间的 y 轴取值范围并不相 同，但我用了 Inf 占据了整个画图的 panel ，而且大家也可以 看到，各个 violin 的曲线最高点(把你的脑袋转 90 度来看) 是不一样的，像提问中的图，所有最高点都到了背景方框的 边界上了，是有误导性的，提问者的图肯定是在某篇文章里 看到，然而很多 SCI 文章的图，都是有问题的。外行人看着 高大上，内行人看一眼就想吐口水。