用graphpadprism绘制4参数拟合曲线教学内容.pdfVIP

用 GraphPad Prism 30 秒拟合 sigmoidal 药理浓度梯度数据 用 GraphPad Prism 30 秒拟合 sigmoidal 药理浓度梯度数据 GraphPad Prism 一个强项就是其简单的曲线拟合。 本例展示药理学典型的剂量依赖曲线的拟 合过程。如果够熟练， 30 秒即可完成一幅达到发表质量的曲线拟合图，如下图所示： 前言 首先要理解 Prism 所用的拟合模型： Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+10^((LogEC50-X)*HillSlope)) 。Prism 本身拟合时是用线性梯度 X ，而实验中一般 log 梯度，因此需要先将 log 梯度转换成线性梯度。这些操作均可在 Prism 里完成。 以下是实验数据： Con.(nM) Drug Ctrl 20 25 26 1 28 26 29 3 45 47 39 10 110 123 134 30 175 190 200 100 262 249 255 300 281 290 275 1000 340 280 270 通常对照组写为 0，但在 log 转换中 log0=-inf 。因此将 Ctrl 当作最低实验浓度的下一个梯度， 这里写为 0.3 nM 。 实际操作 1. 创建新的实验。第一步，新建 Project File ，如下图所示： 2. 选择图表类型 (1) 先选择 table graph 的类型， XY( 下图中红色 (1) ，以下例同 ) 。 (2) 选择数据来源。 (3)选择实验数据的重复，这里选 3 replica 。 (4) 选择画图时的 symbol 的数据计算方式： Mean and Error, Error 一般选 SEM 即可。 (5) 这样就可创建数据表了。 3. 数据录入。 (1) 点选 Data Tables 下的表格，可以重命名为： 2011-11-04 Plate 1 。 (2) 输入实验所使用的浓度。 (3) 输入 Plate Reader 读出的数据。这里为 3 复孔实验。 (4) 如果想在一幅图画多条曲线，可继续在此输入新数据，如 Drug 2 。 (5) 此处可进行浓度变换。 4. 浓度变换 (1) (1) 选择要进行变换的数据。 (2) 选择进行 transform 。最后点击确定。 5. 浓度变换 (2) (1) 选择转换方程。 (2) 我们这里进行 log 转换。 6. 曲线拟合 (1) 选择转换后的数据。这一步一般是自动选择的。 (2) 这里是转换后的浓度，以 log 表示。 (3) 点非线性拟合。 (4) 在弹出的窗口中选择 Dose response - Stimulation ，从中选择 log vs. response - variable slop 。此模型即为上述模型。 在底部选择经典拟合方法： Least squares fit 。其他方法有机会再详加介绍。 现在即可点确定进行曲线拟合。 7. 拟合结果。 (1) 在表 ...Nonlin fit of transform of 2011-11-14 Plate 1 里，显示所有结果。 (2)EC50 已经自动计算好， 并转换到实验的浓度单位， 此单位与所输入数据使用同一单位， 这里是 nM 。 (3) 这里所使用的模型是经典的四因子模型 sigmodial(Hill model) ，所以会有 Hillslope 。 8. 最终图，经过简单修饰。 结束语 到此结束。其间有很多选项可以选择，有机会再做介绍。如果够熟