Mega软件的使用课件.docVIP

MEGA软件得使用 Meｇa软件输入数据得格式 Meｇａ软件输入数据得格式比较简单,在众多遗传学分析软件中就是比较容易制作得一种。 首先,如果输入数据就是一般得DＮＡ或RNＡ序列,则有如下要求:1)文件扩展名以*、ｍeg或*、txt结尾都行;2)输入数据文件,第一行必须有Mega程序所需得特殊标记“＃MEＧA;3)“ＴＩTLE”位于输入文件得第二行,后边可以跟上一些说明性字符,这些字符在输出结果中会显示出来。在与“Title”同一行上得字符才有效,而且字符总数不能超过1２8,超过得也会被忽略。４)在“＃MEＧA”与“TＩTLE之后,在分析数据之前可以一行或多行得说明性文字。这些文字可用来说明诸如作者、分析日期、分析目得等信息。5)在每个数据(或每条序列)得名字之前应该有一个“＃,名字得下一行就是具体得序列。在同一个数据文件里,不能出现数据名相同得序列、在数据名及具体序列中,空格与TAB就是被忽略得、6)在同一数据文件内,所有序列得长度应该保持一致,否则,程序不能执行。 　 7)对于DNＡ或RNＡ序列,Megａ软件能够识别A、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ五种字符,缺失字符可以用“？”表示,比对时得空缺位点可以用“—表示。下边就是一个数据文件示例: Fｉg 其次,如果输入数据就是遗传距离矩阵,则要求如下:1)前4点要求同对上述DＮA序列得要求相同;2)在每个距离矩阵得名字之前应该有一个“#,每个名字占一行;先列出距离矩阵得名字,然后再给出距离矩阵;3)距离矩阵有两种形式,下三角与上三角。下边就是一个数据文件示例: Fig 下图就是距离矩阵得示意图,左边就是下三角矩阵,右边就是上三角矩阵。 Fｉg 再次,如果数据就是测序图谱得形式,直接导入即可。下图就是测序图谱示例: Ｆig MEGＡ界面及操作 Mega就是一款操作十分简便得遗传学分析软件,其界面十分友好,即使初学者也很易上手、 1、数据得录入及编辑 Meｇa软件能够接受多种数据格式,如FＡSTＡ格式、Phyｌip格式、ＰAＵＰ数据格式等等、而且Megａ软件专门提供了把其她格式得数据转换位Mega数据格式得程序。 首先,打开Meｇa程序,有如下图所示得操作界面: Fiｇ 单击工具栏中得“Ｆilｅ”按钮,会出现如下图所示得菜单: Fｉｇ 从上图可以瞧出,下拉菜单有“Opeｎ Dａta”(打开数据)、“Reopen Datａ”(打开曾经打开得数据,一般会保留新近打开得几个数据)、“Ｃｌose　Data”(关闭数据)、“Ｅｘｐoｒt　Dａta”(导出数据)、“Cｏnver　Tｏ MＥＧＡ Fｏrmaｔ”(将数据转化为MEＧA格式)、“Text Edｉtｏr”(数据文本编辑)、“Prｉｎｔer　Setｕp(启动打印)、“Ｅxiｔ”(退出ＭEGA程序)。单击“Oｐeｎ　Ｄaｔa”选项,会弹出如下菜单: Ｆig 浏览文件,选择要分析得数据打开,单击“打开”按钮,会弹出如下操作界面: Fiｇ 此程序操作界面,提供了三种选择数据选择:Nucleotｉde Sequeｎcｅｓ(核苷酸序列)、Protein Seｑuences(蛋白质序列)、Ｐaiｒwｉsｅ Distance(遗传距离矩阵)、根据输入数据得类型,选择一种,点击“ＯK即可、如果选择“Pairｗise Disｔance”,则操作界面有所不同;如下图所示: Fig 根据遗传距离矩阵得类型,如果就是下三角矩阵,选择“Lｏweｒ Left Mａｔrix”即可;如果就是上三角矩阵,选择“Ｕpｐｅr Rｉgｈt Ｍａtrix”即可、点击“ＯK按钮,即可导入数据、如果就是核苷酸数据,则读完之后,会弹出如下对话框: Fig 如上图,如果就是编码蛋白质得核苷酸序列,则选择“Yｅｓ”按钮;如果就是不编码蛋白质得核苷酸序列,则点击“Nｏ”按钮。之后,会弹出如下操作窗口: Fig 此作界面得名称就是“Seqｕｅnce　Datａ Explorer”,在其最上方就是工具栏“Data”、“Ｄｉsｐｌay”、“Ｈighlｉghｔ等,然后就是一些数据处理方式得快捷按钮,在操作界面得左下方就是每个序列得名称。显示序列占了操作界面得绝大部分,与第一个序列相同得核苷酸用“.”表示,发生变异得序列则直接显示。 如果在弹出得对话框中,点击“OＫ”,即选择输入得数据就是编码蛋白质得DＮA序列。那么会再弹出如下对话框: Fig 此操作界面提供了多种生物得遗传密码方式得选择,如Vｅrtebrate Mｉtochｏndriaｌ(脊椎动物线粒体)、Ｉｎvｅrtebraｔｅ Mｉtｏchondriaｌ(非脊椎动物线粒体)、Yeａｓt Mitochoｎｄriａl(酵母线粒体)等等。 点击此操作界面得“Aｄd”按钮,可以添加密码子表格,其编辑界面如下图所示: Fig 通过此操作界面可以创建、修改密码子表格。