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胶迁移实验步骤
实验步骤
生物素标记探针
1 按如下顺序加入反应物,温和混匀,切勿涡漩
超纯水 25 μl
5 ×TdTReaction Buffer 10 μl
探针 (1 μM) 5 μl
Biotin-N4-CTP 5 μl
TdT (2U/ μl) 5 μl
37℃反应 30 分钟
2 加入 2.5 μl 0.2M EDTA 终止反应
3 加入 50 μl 酚:氯仿,短暂涡漩, 15000g 离心 2min ,保留上层水相,- 20 ℃保存。
4 结合反应前等体积混合两条标记引物, 90℃退火引物,并自然冷却至 4 ℃,待用。
抽提核蛋白
6
密度铺 60mm 细胞培养板,培养约 12h
1.2-3 × 10
2.移去细胞培养基, PBS 洗细胞一次
3.加入 1mL Buffer B 于培养板,将细胞刮下收集于 1.5mL 离心管
4.1000g 离心 2min ,吸去上清
5.加入 160 μl Buffer A ,重悬沉淀,冰育 20min
6.加入 40 μl 含 2.5 %NP-40 的 Buffer A ,涡漩 10s,4 ℃ 15000g 离心 5min
7.吸去上清,加入 40 μl Buffer C ,4 ℃涡漩 25min ,4 ℃ 18000g 离心 5min
8.吸取 2 μl 上清采用 Bradford 法测蛋白质浓度,其余储存于 -80 ℃
配置非变性聚丙烯酰胺凝胶 (以 6 %浓度为例 )
5 ×TBE 1mL
30%Ac-Bi 2mL
40 %Glycerin 625 μl
DDW 6.125mL
10%AP 150 μl
10%TEMED 100 μl
以预冷为 4 ℃ 的 0.5 ×TBE为电泳缓冲液, 100V 预电泳 30-60min
EMSA (参考PIERCE 公司试剂盒)
特异性的证明
首次使用的探针序列需证明其是否与目的蛋白特异性结合,确定目的条带的位置。
按照“步骤”中的体系,做以下四组平行结合实验:
(在加入 ddw ,10×binding buffer ,Poly(dI.dC) 的基础上 )
1) 生物素标记的探针
2) 蛋白质粗提物
3) 蛋白质粗提物+ 200 倍浓度的非标记的同种探针
4) 蛋白质粗提物+ 200 倍浓度的非标记的突变探针
室温反应 10min ,然后加入生物素标记的探针
室温继续反应 20min ,做 EMSA 检测
结果分析,如果出现如下实验结果
1) 显示游离探针位置
2) 显示游离探针位置和迁移带位置
3) 只有游离带,没有迁移带
4) 和 2)带型一致
则证明探针与目的蛋白为特异性结合。
步骤
1.按如下顺序加入反应物,温和混匀( 20 μl 体系)
ddw ――
10 ×bindingbuffer 2 μl
Poly(dI.dC) 1 μl
核蛋白粗提物 4 - 10 μg (温和混匀)
生物素标记的探针 0.5 μl
室温反应 20min ,加入 6 ×Loadin
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