癌症相关数据库（第二讲）.pdfVIP

癌症相关数据库 http://2016./Team:NJ U-China/ Background 癌症在中国的情况 http://2016./Team:NJ U-China/ Background 癌症相关数据库 • Nucleic Acids Research杂志中列出癌症相关的数据库列表： • /nar/database/subcat/8/33 基因组变异数据库 （突变、SNP、插入、缺失、拷贝） 癌症相关基因数据库 （促癌、抑癌基因、转移相关基因） 癌症基因表达数据库 （利用基因芯片、测序检测等技术检测 基因在各癌症的表达情况、差异表达分析） 癌症表观遗传修饰数据库 （DNA 甲基化、表观遗传修饰） 非编码RNA （癌症相关miRNAs ，circRNAs ，lncRNAs等） 癌症调节网络关系数据库 （癌症基因间的调节关系） 癌症大规模数据储存、分析平台 （癌症相关高通量数据的查 询、访问及分析） The Cancer Genome Atlas (TCGA) • 起始于2005，由National Cancer Institute (NCI)和National Human Genome Research Institute (NHGRI)共同负责，预计2006~2009年花费1.1 亿美元获取癌症基因组的遗传变异。 • 美国政府投入5亿美元，预计再接下来的5年内 （2010~2015 ）获得 20~30种癌症的基因组变异。 • 目的：利用大规模基因组测序技术，挖掘癌症的基因组图谱，加快我 们对癌症分子基础的理解，提高我们对癌症的诊断、治疗和预防能力。 • 目前TCGA项目涉及33种癌症，11328个病人，样本包含癌症组织、 癌旁组织，血液等，总数据大小为2.5 petabytes 。 数据类型 • Tumor characteristics: • DNA mutation • Copy-number variation • Gene expression • DNA methylation • MicroRNA activity • Cellular protein activity • Clinical data • Whole genome sequences • Whole exome sequences • Sequence traces • Mutations, including coding, splice site, germline and noncoding somatic variants • RNA sequencing • miRNA sequences (calculated expression per miRNA and isoform) • mRNA sequences (calculated expression per gene, exon, splice j unction, isoform) • Total RNA sequences (calculated expression per gene, exon, splice j unction, isoform) • Expression signals per gene, exon, splice j unction, miRNA, and isoform • Copy number •