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精品资料 精品资料 仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢 仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢 PAGE # beast系列软件使用 个人初步总结 第一步beauti软件设置nexus文件的参数最后文件的格式是.xml 第二步run beast软件最后的格式有.log相.tree 第三步tracer软件run设置第一步的参数的合理性 第四步TreeAnnotato「run最后文件的格式是XX_MCC.tree 第五步FigTree playXX_MCC.tree,表现构建的结构 个人详细使用： BEAUti 1、File―Import DataT丁开 NEXUS（beauti 软件的 NEXUS 文件与 PAUP 软件的 有不同） 文件打开后显示为 2、选择Taxon Sets通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元 内的子集序列数据。这也允许你去记录每个分类tMRCA子集最近的共同祖先，设 置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后tMRCAs在曰志文件中应按单位相同规 定你的DNA序列。这些分类单元可以代表不同的物种子集分析地理上孤立的多 种群或者在一个物种。值得注意的是,建立一个分类单元不保证该子集集团将能 够对其它属种单源推理分析。 单击“十”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些 有用的分类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在MCMC分 析的时候保持单源。最后可以得到类似： 3、选择substitution model这里主要是模型的选择 substitution model中主要为三个模型HKY GTR TN93根据模型构建来选择 Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model 中 None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites, None （假定物种的进化保持相同的速率）Gamma （物种的进化 不是相同的速率）Invariant sites （数据中的某些位点从未经受任何进化上的 改变，其进化速率是相同的） Partition into codon positions 中 off/2 partitions：positions（1+2）, 3/3 partitions:positions1, 2, 3 off ：分析不能转录成RNA的DNA 精品资料 精品资料 仅供学习与交流，如有侵权清联系网站删除谢谢 仅供学习与交流，如有侵权清联系网站删除谢谢4 2 partitions:positions(l+2), 3:1, 2段转录比较慢，3段转录比较快 3 partitions：positionsl, 2, 3 ： 3段都有自己的转录翻译速度 有些(name下有两个以上)这时需要选择Data Partitions的Unlink Subst Modelsn 4、选择 clock model 选择the relaxed molecular clock models数据来自一个潜在的指数函数或对数正 态分布。很多数据都是用到the relaxed molecular clock models 精品资料 精品资料 仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢 仅供学习与交流，如有侵权请联系网站删除谢谢 PAGE # 选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors ：我们比较多的希望使用Yule模型，这是一个简单的模型通常是更 适用于考虑序列不同的种类。 6、 Priors 在有数据的情况下，改变设置trmc ()的Priors,其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。 7、MCMC Length of chain ：取决于数据大小和质量，系统默认为10, 000, 000 氏ho state to screen every和log parameters every :多少的马尔科夫链的参数显示 在屏幕上和记录在曰志文件中。前一个系统默认为I。，000这个数值不要低于 10,000,不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度 8输出创建XML文件 Running BEAST Run BEAST加入文件为新建好的XML文件 Run完以后出现两个文件XX.log.txt和XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 软件 打开XX.log.txt查看结果 Select meanRate 去查看 95%HPD Select meanRate 去查看 95%HPD Tree Annotator Obtainin