实习3芯片数据的基本处理和分析.pptxVIP

实习三：芯片数据的基本处理和分析 ;实习一;芯片数据分析的一般流程：;实习内容：;;6;;A package of Open Source software programs for Microarray analysis ;GenePix格式（.gpr）;Agilent 格式 （.txt）：;MEV文件：MEV格式的芯片数据;;Express Converter主界面：;ExpressConverter使用方法：;input;程序运行前;MEV文件：MEV格式的芯片数据;MEV注释文件（后缀名为.ann）;课堂练习;MIDAS: 数据基本处理;低质量数据过滤;MEV文件：MEV格式的芯片数据;Flags in Mev file:; 由于样本差异、荧光标记效率和检出率的不平衡等因素，需对cy3和cy5的原始提取信号进行均衡和修正才能进一步分析实验数据，Normalization正是基于此种目的。;MIDAS 可选的数据处理方法;芯片内的数据标准化（Normalization）;区块间均一化处理;用MIDAS处理单张双色芯片的基本流程;MIDAS程序界面;Step 1：芯片数据的读入;Step 2：低质量数据的过滤;Step 3：标准化（包括区块间的均一化）;Step 4：结果文件的输出;;MIDAS统计作图（MIDAS Investigation窗口查看）;课堂练习;芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选;38;MeV 4.3支持的文件格式;MeV 4.3程序主界面;芯片数据聚类分析和差异表达基因筛选;1 表格格式数据的读入与转化;②;⑤;;不同颜色表示相对表达量;2 系统聚类法对基因和样本聚类;聚类分析结果图：;存储和注释感兴趣的分类：;50;3 使用SAM查找差异表达基因;不同实验类型;⑤;SAM结果：Expression Images;SAM结果：Centroid Graphs;SAM结果：Expression Graphs;SAM结果：Table Views;课堂练习;GenMAPP一款将芯片数据和代谢途径结合起来的图形化显示工具;;GenMAPP安装和更新;GenMAPP基本概念;Supported Species;心肌炎患者数据------脂肪酸降解途径;GenMAPP基本概念;ID System (Species);Step 1：打开“GenMAPP 2”程序。选择菜单“Data→Choose Gene Database”按照实验物种选择合适的基因库。;Step 2：从菜单“File→Open”打开相应的MAPP文件。 ;Step 3：从菜单“Data →Choose Expression Dataset”打开表达量文件（.gex）并选择相应的颜色集。;Step 4: 点击感兴趣的基因查看注释;如何制作.gex表达量文件？;2. 将Excel另存为文本文件（txt后缀名或csv后缀名），可在Data菜单“Expression Datasets→New dataset”导入该文本文件。此时，程序会向用户提问文件???的数据是数值型还是文本型，对文本文件要在图示框中选勾，点击“OK”即可，一般Control Average、Treated Average、Fold Change和p-value为数值型，其他为文本型。 ;如何制作颜色集（color set）？;课堂练习;芯片数据库介绍;常用的芯片数据库;GEO (Gene Expression Omnibus) 主页;也可这样检索：NCBI主页?Search “GEO Datasets”;以检索人类癌症相关的芯片实验为例，输入“human AND cancer”： ;每条记录包含的信息：;;GenMAPP 流程;谢谢！;9、春去春又回，新桃换旧符。在那桃花盛开的地方，在这醉人芬芳的季节，愿你生活像春天一样阳光，心情像桃花一样美丽，日子像桃子一样甜蜜。5月-215月-21Monday, May 31, 2021 10、人的志向通常和他们的能力成正比例。17:40:2917:40:2917:405/31/2021 5:40:29 PM 11、夫学须志也，才须学也，非学无以广才，非志无以成学。5月-2117:40:2917:40May-2131-May-21 12、越是无能的人，越喜欢挑剔别人的错儿。17:40:2917:40:2917:40Monday, May 31, 2021 13、志不立，天下无可成之事。5月-215月-2117:40:2917:40:29May 31, 2021 14、Thank you very much for taking me with you on that splendid outing to London. It