基因组学数据分析精品专业课件.ppt

　　　实　习　一基因组数据注释和功能分析;实习一;通过序列比对工具BLAST学习，了解蛋白编码基因的功能注释原理 介绍多序列联配工具ClustalX 分子进化分析软件MEGA4的基本知识，掌握系统发生树绘制的基本方法;序列比对的进化基础;BLAST;;QuerySequence;程序名;以Blastx为例： ;;9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定。*** 10、低头要有勇气，抬头要有低气。**** 11、人总是珍惜为得到。***** 12、人乱于心，不宽余请。**** 13、生气是拿别人做错的事来惩罚自己。***** 14、抱最大的希望，作最大的努力。**** 15、一个人炫耀什么，说明他内心缺少什么。。***** 16、业余生活要有意义，不要越轨。*** 17、一个人即使已登上顶峰，也仍要自强不息。****;与核酸相关的数据库;9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定。*** 10、低头要有勇气，抬头要有低气。**** 11、人总是珍惜为得到。***** 12、人乱于心，不宽余请。**** 13、生气是拿别人做错的事来惩罚自己。***** 14、抱最大的希望，作最大的努力。**** 15、一个人炫耀什么，说明他内心缺少什么。。***** 16、业余生活要有意义，不要越轨。*** 17、一个人即使已登上顶峰，也仍要自强不息。****;;;BlastP;;选择打分矩阵（scoring matrix）;;;;上机实习1：网上运行blastx和blastn;本地运行BLAST;登陆NCBI的FTP下载blast程序;双击安装到C盘 产生三个文件夹 bin data doc;本地数据库的构建;数据库的格式化;程序运行;上机实习2:本地运行blastx;;输入“cd\”-〉回车 回到安装目录C盘;输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容;输入“more db”-〉回车察看db文件内容;输入“formatdb -i db -p T”-〉回车 对db数据库进行格式化;输入“dir”-〉回车 察看bin文件夹下内容;输入“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9” -〉回车 运行blastx程序;产生的结果文件“out”;用”more out” 察看结果文件;不使用-m参数时 比对结果显示序列两两比对;用”more out” 察看结果文件;多序列比对的目的;;ClustalW/X的运行;·;;点击Start Jalview打开java程序窗口;上机实习3：本地运行ClustalX;在 C:\zcni\实习1\Clustalx2 文件夹下，找到clustalx.exe 双击打开;ClustalX窗口;点击File下拉菜单中 Load sequences选项， 打开序列文件17-RNASE1.fasta.txt;打开后的界面;点击进行多序列比对;可在Alignment下拉菜单中的Alignment Parameters中设定各个参数;点击Alignment下拉菜单中的Do Complete Alignment进行比对;比对结果 “*”、“:”、“.” 和空格依次代表改位点的序列一致性由高到低;MEGA4;MEGA4可以识别fasta格式文件 将 17-RNASE1.fasta.txt 重命名为 17-RNASE1.fasta;选择打开方式为MEGA4，打开17-RNASE1.fasta，自动跳出序列窗口 用ClustalW做多序列联配;ClustalW参数设置;以.meg格式保存结果;回到MEGA主窗口 激活所保存的文件（.meg）;;回到MEGA4主窗口构建进化树;;四种系统进化树构建方法;进化树的可靠性分析;;;;软件;上机练习4：MEGA4.0;谢谢！;选择构树方法;最大简约法（MP）;9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定。*** 10、低头要有勇气，抬头要有低气。**** 11、人总是珍惜为得到。***** 12、人乱于心，不宽余请。**** 13、生气是拿别人做错的事来惩罚自己。***** 14、抱最大的希望，作最大的努力。**** 15、一个人炫耀什么，说明他内心缺少什么。。***** 16、业余生活要有意义，不要越轨。*** 17、一个人即使已登上顶峰，也仍要自强不息。****