毛白杨真菌胁迫下mirna靶基因预测和生物信息分析.pdfVIP

中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2014, 36(11): DOI: 10.11844/cj cb.2014.11.0194 毛白杨真菌胁迫下miRNA靶基因预测和生物信息分析 廖维华 陈 仲 叶梅霞 马焕弟 高 凯 雷炳琪 安新民* (北京林业大学林木育种国家工程实验室, 林木花卉遗传育种教育部重点实验室, 国家林业局树木花卉育种与生物 工程重点开放实验室, 北京100083) 摘要 目前, 关于杨树在真菌胁迫下其miRNAs对基因的调控作用研究较少。准确快速地 预测并鉴定miRNA靶基因, 对揭示真菌胁迫下miRNAs在基因调控中的作用至关重要。该文根据 miRNA 的进化保守性, 通过靶基因预测软件psRNATarget, 以已知的毛果杨miRNAs为探针, 与毛白 杨真菌胁迫下转录组的基因序列比对, 找到其中347个miRNAs的772个靶基因, 分别编码与植物激 素信号传导、植物病原互作、谷胱甘肽代谢等与植物抗病密切相关的蛋白。miR393通过转录后 水平作用于靶基因, 调节生长素信号以响应多种外界刺激。该研究中发现了miR393的11个靶基 SD1-13 CYP83B1 AFB2 TIR1 AFB3 因, 主要参与生长素介导的信号通路; 其中6个靶基因( 、 、 、 、 和 PSBR)存在差异表达, 这些基因是研究miR393的生物学功能的关键候选基因。 关键词 毛白杨; 真菌胁迫; miR393; 靶基因 Prediction and Bioinformatics Analysis of miRNA Target Genes in Populus tomentosa under Fungus Stress Liao Weihua, Chen Zhong, Ye Meixia, MA Huandi, Gao Kai, Lei Bingqi, An Xinmin* (National Engineering Laboratory for Tree Breeding, Key Laboratory of Genetics and Breeding in Forest Trees and Ornamental Plants, Tree and Ornamental Plant Breeding and Biotechnology Laboratory, Beijing Forestry University, Beijing 100083, China) Abstract There are few reports profiling the regulatory mechanisms of miRNA in poplar defense responses during fungus stress. It is very important to predict miRNA target genes accurately and rapidly for revealing the regulation effect of miRNA in gene expression during plant-fungus interactions. According to the conservative property of miRNAs, prediction of miRNA target genes was applied with a miRNA target analysis server psRNATarget using previously deposited miRNA sequences from Populus trichocarpa . A total of