【指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识.docxVIP

指南与共识】高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识 摘要：宏基因组下一代测序(mNGS)技术直接针对标本中核酸无偏倚检测 病原微生物序列。但是，mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上 机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程，对技术平台及人 员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提高危 急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平，在多项国家科技专 项的支持下，本领域有关专家起草了本共识，以促进mNGS技术的规范应 用和良性发展。 快速准确的微生物鉴左技术始终是临床微生物关注的焦点。传统微生物检验，诸 如形态学、培养、抗原抗体及靶向核酸检测等方法在解决疑难及未知病原微生物 上存在局限性11-2 o新型宏基因组下一代测序(metagenomics next-generation sequencing, mNGS)技术直接针对样本中所有核酸进行无偏性测序，结合病原 微生物数据库及特圧算法，检测样本中含有的可能病原微生物序列。随着该技术 的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，已逐渐从科研走向临床应用，成为 临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段⑴。利用mNGS技术进行病原微生 物检测需经样本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序并满足测试的质量控制 要求后，采用特宦算法软件与专用的病原微生物数据库进行比对，实现对病毒、 细菌、真菌、寄生虫及非经典微生物等的检测山“亠。mNGS技术不依赖培养， 对常见病原微生物检验阴性、经验治疗失败、不明原因的危急重感染的病原学诊 断以及新发突发传染病的病原体发现具有独特价值匕？：。 为进一步规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用，提髙危急重症和疑难感 染性疾病的诊疗水平，在多项国家科技专项的支持下，参考国内外相关文献、共 识与规范［—2八―特别借鉴了《高通量测序技术临床检测规范化应用 北京专家共识(第一版通用部分)》小：，组织本领域有关专家起草了本共识， 以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。本共识中声明的内容为专家讨论并 推荐的要点。 一、临床应用的基本要求 (-)适应证 基于医学决策的mNGS病原微生物检测申请，一般用于传统检验方法未能给出明确病原学 结果从而影响患者准确诊疗的感染性疾病、新发突发传染病、验证常规检验结果或排除其他 发热疾病。推荐临床通过拟诊先行传统微生物检验及聚合酶链反应(polymerase chain reaction. PCR)检测拟诊疑似常见病原微生物，不盲目使用mNGS技术。在必要或紧急情 况下，如危急重症、疑难感染、群体性感染事件等，可考虑作为一线检测方法。表1列岀了 mNGS临床应用适应性说明。 *1 H1NG5II5床应用逍应性说明 ￡1孟言 全虚 埸齐.E此ESL巳帧腹CTPCB饲性 G發叵兮玄 PCR挣廉了甲輪茁：M1、H3? H5. H7).乙型汽曲傢5BL63. 229G. CC43. HW1. 3RS. MARS. 2019-nCOV).亚濟寸贰 啦BALF (1、乙 璋)?人爲衣0 初0.貯疏5会肖筋9圧B. i?住土紀炎支东饥篩炎衣履氏 矽誌注壬 阪 诜班EITL KMgi-fi.百日谿彩丽尺应斑眉子西W苦康霸辟应B闕律 京忌 此朗体也!用住.X恋舲了够惑煜和2型.巨般声.水运卿砺.人砂昭陶.話氐无 阴 民曲M.炯EMHM气=血5体 舉内炎?沃■工一 feK.夭TJ -- … -- 节盗.^feS 箔芥.林號?龙兔性.PC隔C7巨总京核B 曰械更.越金広穆欢比2%人磁欢密田一人於屋-欢*釈讹玄楡B.感 師醉无 矣. 砂発 ???8. 瓷尿iUlT.夫驴头察邑烦P0： 扬倉±丹€片.劇哙刻胡? PCR彬了弦曲芒.呈bC. GH)?洌:?、，古雯N 可N小坊 箱畅炎窈尔W? 待痢？EM、致洱B闵杆为(EAEC、EHEC. EIEC、EPEC. ETEC ]?W饪问.毛虫.?密裁阿 来曰5?圭第荷无琢 _ 累烷强舌梅得换学注IS * 拓本 注:8ALF为文乓琶梵衣T蘇.EAEC力廉炙性丈透乂稔迂? EHEC为加直住天珈老五?日EC力曲転九愿块宦富EP€C为透务性久期烬丽? ETEC力阪产至性大 临床上在选择mNGS进行病原微生物确认时应注意如下事项。 mNGS检测申请表：mNGS检测实验室应提供适合临床使用的申请表。除患者基本信息外, 申请单应包括标本类型、拟诊、现病史、既往史、流行病学史、关注的病原体、抗菌药物使 用史等。另外，申请表中应列出不同测序项目及适用范圉供医生选择。 靶向基因测序：基于高通量测序技术的病原微生物检测，除无偏倚的mNGS外，还包括原 核生物的16S rRNA基因、真菌(5S rRNA基因两端的ITS1、ITS2及25-28S rRNA基因中的 D1及D2区等