第八章基因芯片分析.pptx

生物信息学;本章内容提要;基因芯片;基因芯片的密度：100-1 million DNA 探针/1cm2;基因表达情况的定量测定;基因芯片技术的类型;两类主流的DNA芯片;(1) cDNA microarrays;Robot spotter;差异表达基因的筛选;;;;;DNA chips的制备：Affymetrix photolitography;点样后的Gene chip;总结;基因芯片的实验流程;2. 图像处理与数据标准化;;基因表达量的定量;;Microarray: 误差的来源;;数据标准化;3. 基因芯片的数据分析;(1) 差异表达基因的分析;统计学分析;P-value: 学生分布;P-value: 学生分布;Multiple Comparisons;False Discovery Rate (FDR);(2) 基因共表达分析;没有相关性？;基因相关性分析;Pearson相关系数;(3) 基因表达数据的聚类;Hierarchical clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;K-means clustering;(4) 基因表达数据的分类;Diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL);(5) Map to GO;GOToolBox;(6) Gene regulatory network;相关系数：基因共表达网络;相关系数：基因共表达网络;4. Microarray: 工具数据库;GEO - NCBI;Array Express - EMBL;SMD - Stanford;9、有时候读书是一种巧妙地避开思考的方法。3月-213月-21Monday, March 8, 2021 10、阅读一切好书如同和过去最杰出的人谈话。02:30:5702:30:5702:303/8/2021 2:30:57 AM 11、越是没有本领的就越加自命不凡。3月-2102:30:5702:30Mar-2108-Mar-21 12、越是无能的人，越喜欢挑剔别人的错儿。02:30:5702:30:5702:30Monday, March 8, 2021 13、知人者智，自知者明。胜人者有力，自胜者强。3月-213月-2102:30:5702:30:57March 8, 2021 14、意志坚强的人能把世界放在手中像泥块一样任意揉捏。08 三月 20212:30:57 上午02:30:573月-21 15、最具挑战性的挑战莫过于提升自我。。三月 212:30 上午3月-2102:30March 8, 2021 16、业余生活要有意义，不要越轨。2021/3/8 2:30:5702:30:5708 March 2021 17、一个人即使已登上顶峰，也仍要自强不息。2:30:57 上午2:30 上午02:30:573月-21