转录组学及研究策略（189页）.pptVIP

基因表达水平通过计数与一个基因内每个核苷酸位置对应的读数来确定，并根据转录物长度取平均值 转录组组装 ? 将原始序列解读为基因组特征： 从头（De novo）测序 无需参考基因组以重构转录组 通常在基因组未知、不完整或较参考明显改变时应用 基因组引导法 比对覆盖参考基因组中非连续部分的读数 非连续读数由剪接转录物测序所致 ncRNA测序 基于理想大小范围选取细胞RNA。 RNA大小筛选：凝胶法、磁珠法或商品化试剂盒。 分离后，在3’和5’末端加接头，然后纯化； 最后，反转录为cDNA。 转录组研究中，第二代测序技术的局限性： 读长过短； 测序文库需要进行扩增导致PCR artifacts，应用于RNA-seq则会造成组装错误（如嵌合体）； 转录物大多数为fragments； 定量分析存在偏差。 PM-MM探针方案 芯片上的每一个基因或EST都是由一个或几个探针组组成，每组探针组又由11-20对25mer的探针对组成，每探针对包括两个探针池，其中一个是完全匹配（Perfect-Match，PM）的，另外一个是序列中间有一个碱基错配的（Mis-match, MM）。 BeadChip（Illumina） BeadArray技术是基于3微米大的硅珠，它们在光纤束或平面硅片的微孔中自我组装，每个微珠上都覆盖了特定寡核苷酸的几十万条拷贝，这些拷贝将作为捕获序列。 HumanHT-12 v4