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分子进化树的构建方法 分子进化树的构建方法 PAGE / NUMPAGES 分子进化树的构建方法 分子进化树的建立方法 分子进化树的建立方法 2011-05-21 09:33:32| 分类： 实验探究 | 标签： |字号大 中小 定阅 分子进化树的建立方法 自夕岚一瞥的博客 一、前言 开始动笔写这篇短文以前，我问自己，为何要写这样的文章？写这样的文章有实质的意义吗？我希望能够解决什么 样的问题？带着这样的迷惑，我顺手在（ DXY ）上以重点字“进化剖析 求援”进行了搜寻，竟然有 289 篇有关的帖子（ 2006 年 9 月 12 日）。而以重点字 “进化剖析” 和“进 化”为重点字搜寻，分别找到 2,733 和 7,724 篇有关的帖子。 考虑到有些帖子的内容与分子进化没关，这里我守旧的估 计，大概有 3,000~4,000 篇帖子的内容，是对于分子进化的。 大略地概括一下，我大概将提出的问题分为下述的几类： 1．波及基本观点。比如， “分子进化与生物进化是否是一个 观点”，“对于微卫星进化模型有没有什么新的进展” 以及“关 于 Kruglyak 的模型有没有改良的出现” ，等等。 2．对于建立进化树的方法的选择。比如， “用 boostrap NJ 获得 XX 图，请问该如何理解？可否应用于文章？用 boostrap test 中的 ME 法获得的是 XXX 树，请问与上个树比， 哪个更 好”，等等。 3．对于软件的选择。比如， “想做一个进化树，不知道什么 软件能更好的使用且能够说明问题，并且有没有说明如何 做”，“拿到了 16sr RNA 数据，打当作一个系统进化树剖析， 但是本来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件” ，“请问 各位能手用 clustalx 做出来的进化树与 phylip 做的有什么区 别”，“请问有做过进化树剖析的朋友，能不可以供给一下，做 树的时候参数的设置，以及代表的意思。还有各个分支等数 值的意思，说明的问题等” ，等等。 4．蛋白家族的分类问题。比如， “收集所有的对于一个特定 domain 的序列， 共 141 条，做的进化树不知详细怎么剖析” ，等等。 5．新基因功能的推测。比如， “依据一个新基因 A 氨基酸序 列建立的系统发生树， 这个进化树可否说明这个新基因 A 和 B 同源，属于同一基因家族” ，等等。 6．计算基因分化的年月。比如， “想在基因组水平比较两个 或三个比较靠近物种之间的进化年月的远近，详细计算出他 们之间的分歧时间” ，“如何预计病毒进化中变异所需时间” ， 等等。 7．进化树的编写。比如生成的进化树图片，如何进行后续 的编写，比方希望在图片上标明某些特定的内容，等等。 因为有关的帖子太多，作者在这里对没法阅读所有的有关内 容而致以抱歉。同时，作者概括的这七个问题也其实不完整代 表所有的发问。对于问题 1 所波及到的基本的观点，作者推 荐读者可参照由 Masatoshi Nei 与 Sudhir Kumar 所撰写的《分 子进化与系统发育》 （ Molecular Evolution and Phylogenetics ） 一书，以及有关的分子进化方面的最新文件。对于问题 7， 作者之一 lylover 一般使用 Powerpoint 进行编写，而 Photoshop、Illustrator 及 Windows 自带的绘图工具等都能够 使用。 这里，作者在这里对问题 2-6 进行简要地解说和议论，并希 望能够初步地解答初学者的一些疑问。 二、方法的选择 第一是方法的选择。鉴于距离的方法有 UPGMA 、ME Minimum Evolution ，最小进化法） 和 NJ（ Neighbor-Joining ， 毗邻法）等。其余的几种方法包含 MP（ Maximum parsimony ， 最大简洁法）、 ML （ Maximum likelihood ，最大似然法）以 及贝叶斯（ Bayesian）推测等方法。此中 UPGMA 法已经较 少使用。 一般来讲，假如模型适合， ML 的成效较好。对近缘序列， 有人喜爱 MP ，因为用的假定最少。 MP 一般不用在远缘序列上，这时一般用 NJ 或 ML 。对相像度很低的序列， NJ 常常出现 Long-branch attraction （ LBA ，长枝吸引现象） ，有时严 重扰乱进化树的建立。贝叶斯的方法例太慢。对于各样方法 建立分子进化树的正确性， 一篇综述（ Hall BG. Mol Biol Evol 2005, 22(3):792-802 ）以为贝叶斯的方法最好，其次是 ML ， 而后是 MP 。其实假如序列的相像性较高，各样方法都会得 到不错的结果，模型间的差异也不大。 对于 NJ 和 ML