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SSR技术原理方法及步骤 SSR技术原理方法及步骤 PAGE PAGE9 SSR技术原理方法及步骤 PAGE SSR技术 1.SSR简介 说明：简单重复序列(SimpleSequenceRepeat，SSR)，简单重复序(SSR)也称微卫星 DNA， 其串连重复的中心序列为  1-6bp，此中最常有是双核苷酸重复，  即(CA)n  和(TG)n  每个微卫 星  DNA  的中心序列构造同样，重复单位数目  10-60  个，其高度多态性主要根源于串连数目 的不一样。 SSR标志的基根源理 ：依据微卫星序列两头互补序列设计引物，经过  PCR反响扩增微 卫星片段，因为中心序列串连重复数目不一样，  因此可以用  PCR  的方法扩增出不一样长度的  PCR 产物，将扩增产物进行凝胶电泳，  依据分别片段的大小决定基因型并计算等位基因频次。  在 真核生物中，存在很多  2-5bp  简单重复序列，称为  “微卫星  DNA”其两头的序列高度守旧， 可设计双引物进行  PCR扩增，揭露其多态性。 SSR拥有以下一些长处 ：(l)一般检测到的是一个单调的多等位基因位点；  (2)微卫星呈共 显性遗传，故可鉴识杂合子和纯合子； (3)所需DNA 卫星DNA多态性时一定知道重复序列两头的 DNA  量少。明显，在采纳 SSR技术剖析微 序列的信息。如不可以直接从 DNA数据库 查寻则第一一定对其进行测序。 SSR的分类：依据SSR中心序列摆列方式的不一样， 可分为3种种类：1）完整型(perfect)， 指中心序列以不中断的重复方式首尾相连构成的 DNA。如： ATATATATATATATATATATATATATATATATAT ；2）不完整型(imperfect)，指在SSR的 中心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两头的连续重复中心序列重复数大于 3。如： ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT ；3） 复 合型(compound)，指2个或2个以上的串连中心序列由 3个或3个以上的连续的非重复碱 基分分开,但这类连续性的中心序列重复数许多于 5。如： ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。3种种类中完整型是 SSR标志中应用许多 的一种种类。 SSR在植物基因组中的散布：SSR宽泛散布于各样真核生物的基因组中， 大概每隔 10～ 50kb就存在一个SSR。哺乳动物中的SSR的数目大概为植物中的 5～6倍。在植物中，平 均就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数目大于票据叶植物， 前者两个SSR之间的 均匀间距为，后者为；核DNA 中的SSR数目多于细胞质 DNA中的SSR，绝 大部分单碱基重复型及 2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。 微卫星的利用价值： 因为中心序列重复数的不一样，等位的 SSR位点可体现出多态性 SSLP，simplesequencelengthpolymorphism）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显性 遗传。因为 SSRDNA双侧序列（走开 20bp以上）表现出守旧特色，所以可设计出上下游 PCR引物，扩增出包含 SSR的DNA序列。微卫星剖析常用于： 遗传图谱建立；种质判定； 遗传多样性剖析； 标志协助选择（MAS，marker-assistantseletion，marker-aidedseletion）； 基因定位；数目性状基因座（ QTL）剖析；系谱剖析；亲源关系判定等。 SSR引物的根源：借鉴其余近缘种序列。 1）经过挑选文库、测序开发自己的 SSR引物。 2）经过核酸数据库查问，从已有序列中找寻包含 SSR的序列并设计引物。 SSR剖析实验的主要技术环节： 提取DNA；PCR扩增；电泳及显色；电泳胶板带型的 照相、记录；数据剖析办理。此中， PCR产物分别的电泳方法主要有：高浓度琼脂糖电泳 （4%胶只好分辨4-6bp差别）；变性聚丙烯酰胺序列胶电泳；非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。因为扩增的片段短(一般小于300bp)，基因间的差别小(一般为几个bp)，故往常使用分辨率高的聚丙烯酰胺凝胶电泳。在程序上，变性胶固然比非变性胶麻烦些，但考虑到在非变性胶上会出现人为设想—异源双链分子，比方致使SSR杂合子中出现3-4条带，而不是正常的2 条带，进而扰乱等位位点统计，所以我们建议在 SSR剖析中均采纳变性胶电泳。 ISSR分子标志的实验原理及操作流程 原理：ISSR（inter-simplesequencerepeat）标志是一种近似 RAPD，但利用包含重复序 列并在3’或5’锚定的单寡聚核酸引物对基因组进行扩增的标志系统，即用SSR引物来扩增重复