gromacs文件介绍and一些杂知识要点.pdf

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(1)gromacs(GMX) 各种文件格式详细,可以查阅 GROMACS 手册第 5 章第 6小节,以下为简要介绍。 CPT 文件 :该文件为模拟断点文件( check point ,.cpt)。该文件为模拟过 程固定时间间隔产生, 保存模拟系统所有信息。 该文件一部分可以在能量 文件( .edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件( .trr )中找到。如果模 拟不幸因为外界条件中断(如断电,模拟人发脾气砸电脑等) ,可以使用 该文件重新在断点处开始模拟, 以节省模拟时间。 同时也可以依靠该断点 文件开始,并延长模拟计算(见 tpbconv )。 EDR 文件 :系统能量文件( energy, .edr)。该文件记录模拟输入文件中 定义的能量组的各种相互作用能量等。 EPS 文件 :封装文件格式( .eps),并不是 GROMACS 自身文件格式,可 以当图片打开。 LINUX 系统下一般已经有默认打开程序, WINDOWS 要 安装其他打开程序(可以 GOOGLE 以下)。GROMACS 的 DSSP 和罗麽 占陀罗图等通过 xpm2ps 处理后都是这个文件格式。习惯就好。 G87 文件 :分子坐标文件( .g87)。该文件记录并只记录原子坐标和速度, 不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。 G96 文件 :分子坐标文件( .g96)。GROMOS96 程序的分子坐标文件,模 拟程序以 15.9的 C 语言格式写入, 精度较高, 但是会比较大。 包含有文件 头,时间步,原子坐标,原子速度,以及盒子信息等。 GRO 文件 :分子坐标文件( .gro )。GROMACS 的最主要分子坐标文件, 明白这个文件,就基本明白使用 GROMACS 了。该文件类型的各个文本 列 字 数 固 定 , C 语 言 的 写 入 格 式 为 : %5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f 。具体固定文本列有: 残基序号, 5位数;残基名称, 5字母;原子名称, 5字母;原子序号, 5 1 为数;原子坐标三列, X ,Y ,Z 坐标各 8位数,含 3个小数位;速度同坐 标,速度单位为 nm/ps (km/s )。 ITP 文件 :分子拓扑文件( .itp )。被主拓扑文件( .top )包含的分拓扑文 件,一般包含某个特定分子的类型。 于主拓扑文件区别有它不引用其他力 场文件,同时包含 [system] ,[molecule] 等拓扑字节。 M2P 文件 :xpm2ps 程序配置文件,定义输出 eps 文件中颜色,字体种类 及大小等。 MDP 文件 :GROMACS 的模拟配置文件( .mdp )。该文件所含定义较多, 各关键字的含义可以查阅 GROMACS 手册。 (这是使用 GROMACS 进行 分子动力学模拟最最最最( 10个最)重要的文件, no mdp 文件,

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