gromacs文件介绍and一些杂知识要点.pdf

（1）gromacs(GMX) 各种文件格式详细，可以查阅 GROMACS 手册第 5 章第 6小节，以下为简要介绍。 CPT 文件 ：该文件为模拟断点文件（ check point ，.cpt）。该文件为模拟过 程固定时间间隔产生， 保存模拟系统所有信息。 该文件一部分可以在能量 文件（ .edr）找到，一部分可以在双精度轨迹文件（ .trr ）中找到。如果模 拟不幸因为外界条件中断（如断电，模拟人发脾气砸电脑等） ，可以使用 该文件重新在断点处开始模拟， 以节省模拟时间。 同时也可以依靠该断点 文件开始，并延长模拟计算（见 tpbconv ）。 EDR 文件 ：系统能量文件（ energy， .edr）。该文件记录模拟输入文件中 定义的能量组的各种相互作用能量等。 EPS 文件 ：封装文件格式（ .eps），并不是 GROMACS 自身文件格式，可 以当图片打开。 LINUX 系统下一般已经有默认打开程序， WINDOWS 要 安装其他打开程序（可以 GOOGLE 以下）。GROMACS 的 DSSP 和罗麽 占陀罗图等通过 xpm2ps 处理后都是这个文件格式。习惯就好。 G87 文件 ：分子坐标文件（ .g87）。该文件记录并只记录原子坐标和速度， 不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。 G96 文件 ：分子坐标文件（ .g96）。GROMOS96 程序的分子坐标文件，模 拟程序以 15.9的 C 语言格式写入， 精度较高， 但是会比较大。 包含有文件 头，时间步，原子坐标，原子速度，以及盒子信息等。 GRO 文件 ：分子坐标文件（ .gro ）。GROMACS 的最主要分子坐标文件， 明白这个文件，就基本明白使用 GROMACS 了。该文件类型的各个文本 列 字 数 固 定 ， C 语 言 的 写 入 格 式 为 ： %5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f 。具体固定文本列有： 残基序号， 5位数；残基名称， 5字母；原子名称， 5字母；原子序号， 5 1 为数；原子坐标三列， X ，Y ，Z 坐标各 8位数，含 3个小数位；速度同坐 标，速度单位为 nm/ps （km/s ）。 ITP 文件 ：分子拓扑文件（ .itp ）。被主拓扑文件（ .top ）包含的分拓扑文 件，一般包含某个特定分子的类型。 于主拓扑文件区别有它不引用其他力 场文件，同时包含 [system] ，[molecule] 等拓扑字节。 M2P 文件 ：xpm2ps 程序配置文件，定义输出 eps 文件中颜色，字体种类 及大小等。 MDP 文件 ：GROMACS 的模拟配置文件（ .mdp ）。该文件所含定义较多， 各关键字的含义可以查阅 GROMACS 手册。 （这是使用 GROMACS 进行 分子动力学模拟最最最最（ 10个最）重要的文件， no mdp 文件，