- 1、本文档共39页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
查看更多
(1)gromacs(GMX) 各种文件格式详细,可以查阅 GROMACS 手册第 5
章第 6小节,以下为简要介绍。
CPT 文件 :该文件为模拟断点文件( check point ,.cpt)。该文件为模拟过
程固定时间间隔产生, 保存模拟系统所有信息。 该文件一部分可以在能量
文件( .edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件( .trr )中找到。如果模
拟不幸因为外界条件中断(如断电,模拟人发脾气砸电脑等) ,可以使用
该文件重新在断点处开始模拟, 以节省模拟时间。 同时也可以依靠该断点
文件开始,并延长模拟计算(见 tpbconv )。
EDR 文件 :系统能量文件( energy, .edr)。该文件记录模拟输入文件中
定义的能量组的各种相互作用能量等。
EPS 文件 :封装文件格式( .eps),并不是 GROMACS 自身文件格式,可
以当图片打开。 LINUX 系统下一般已经有默认打开程序, WINDOWS 要
安装其他打开程序(可以 GOOGLE 以下)。GROMACS 的 DSSP 和罗麽
占陀罗图等通过 xpm2ps 处理后都是这个文件格式。习惯就好。
G87 文件 :分子坐标文件( .g87)。该文件记录并只记录原子坐标和速度,
不含原子序号。并只记录常压强模拟系统的盒子信息。
G96 文件 :分子坐标文件( .g96)。GROMOS96 程序的分子坐标文件,模
拟程序以 15.9的 C 语言格式写入, 精度较高, 但是会比较大。 包含有文件
头,时间步,原子坐标,原子速度,以及盒子信息等。
GRO 文件 :分子坐标文件( .gro )。GROMACS 的最主要分子坐标文件,
明白这个文件,就基本明白使用 GROMACS 了。该文件类型的各个文本
列 字 数 固 定 , C 语 言 的 写 入 格 式 为 :
%5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f 。具体固定文本列有:
残基序号, 5位数;残基名称, 5字母;原子名称, 5字母;原子序号, 5
1
为数;原子坐标三列, X ,Y ,Z 坐标各 8位数,含 3个小数位;速度同坐
标,速度单位为 nm/ps (km/s )。
ITP 文件 :分子拓扑文件( .itp )。被主拓扑文件( .top )包含的分拓扑文
件,一般包含某个特定分子的类型。 于主拓扑文件区别有它不引用其他力
场文件,同时包含 [system] ,[molecule] 等拓扑字节。
M2P 文件 :xpm2ps 程序配置文件,定义输出 eps 文件中颜色,字体种类
及大小等。
MDP 文件 :GROMACS 的模拟配置文件( .mdp )。该文件所含定义较多,
各关键字的含义可以查阅 GROMACS 手册。 (这是使用 GROMACS 进行
分子动力学模拟最最最最( 10个最)重要的文件, no mdp 文件,
文档评论(0)