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1. 路线整理过程总体要求
要求所画分子结构要整齐美观(每一横行必须左对齐,且每个横行之间的距离不能太大),如例1,所画结构不能带有CH、CH2以及CH3的书写形式。符合化学键的键角,键长,要用ACS document 1996为模板(打开chemdraw→File→Apply Document Settings from→ACS Document 1996)
例1
2. 各个路线Chemdraw文档
规定宽度为24格,打开chemdraw→view→show crosshair和show rulers帮助确认宽度。
3. 反应初始原料若有两个或多个且都画出结构时,采用A+B+C的形式。
如例2所示,后面步骤将所用试剂放在箭头上面。
例2
4. 同一目标化合物的所有路线,目标产品和中间体结构中原子和基团的空间排布顺序从头到尾一般要一致。
5. 同一横行的所有化合物结构中心和箭头要在一个水平线上,同样,化合物编号也要在同一水平线上。
排布方法:选择要对齐的结构、加号和箭头,右键→align→T/B centers。化合物编号用阿拉伯数字,加粗表示,从1开始依次编号,包括箭头上面画出结构的化合物。初始原料和反应产物的编号置于化合物下面居中位置,化合物与编号之间间隔不要太大。
化合物编号(或名称)以及ee或de值书写顺序为:编号(或名称)→ee或de值(均为斜体),居中,最终产品所得量不必标出,如例3所示。
例3
产物名称包括路线后面缩略词的注释,每个单词的首字母都要大写
6. 有中间体需要单独合成,则在主路线后面单独列出,以虚线隔开(虚线宽度为文档宽度的一半,为12格),只涉及常规转化的中间体的合成路线若少于三步一般不必列出。
所合成的中间体的编号与主路线编号相同,其他化合物的编号接着主路线的编号依次往下排序,如例4中,主路线从1开始依次排序到12,辅路线涉及中间体8的合成,则辅路线编号为13开始依次后编,直至产物8终止。
例4
7. 关于产率及多步反应的总收率的计算
所有产率都放在箭头下方(与箭头的距离与条件相当),居中,数字和百分号之间无空格如70%。若为范围的产率则写为50-70%,中间用横杠隔开。多步反应收率合算,如三步合算,如例5,那么在第三步收率应写为80% over 3 steps,放在第三步箭头下面或箭头下条件后面,居中,不应放在第三步化合物编号下面,注意3字要用阿拉伯数字表示,而非英文three。如可能,每步一般都要写出收率,文献已标明直接写明,若文献未直接标明,如给出所有原料和试剂的投料量,和该步中间体的产量,应由此计算出相应的收率。对于箭头上几步反应条件的情况,如果中间体经过猝灭初步提纯等后处理拿到产物后投入下步反应的,箭头下面的产率要写为XX% over x steps;若不经过后处理而直接投入下步反应,则直接写为XX%,如例4及5所示。
例5:
关于总收率算法:一条路线总收率为各步骤收率乘积,若一条路线中含有副路线,且辅路线终产物是主路线箭头上所需的反应试剂,则总收率应全部算一起。若辅路线终产物是主路线中间体另一合成方法,则路线总收率的计算不包括辅路线收率。
8. 关于手性化合物
对于含有手性中心的光学活性化合物,要用楔形键或表示,楔形键小端位于手性中心原子上,大端一般指向其他基团(如有杂原子则优先选择指向杂原子)。若为消旋化合物,则用表示,而非用表示,如存在环状结构,手性优先画在环上,糖环手性画在桥头氧上,甾体化合物遵循一般的书写规则,手性画在氢或取代基上,而非画在环上,如例6及例7所示。
例6
例7
对映体ee值以及非对映体de值和比旋光度计算及写法:文中明确说明ee值或de值可直接标出,置于化合物编号下面,如98% ee,95% ee,大于或小于号与数字之间无空格,居中。若指明产物或中间体对映体的光学纯度为97%,则需要计算出相应的ee值为(97%-3%)/100%=94% ee。若给出比旋光度,一般表示为[?]D20 = +59.5 (c 2.06, MeOH),注意D为斜体,等号前后都要空一格。置于化合物编号下面,居中。
9. 关于反应条件书写
反应过程所用条件均衡分配(包括试剂,溶剂,温度以及压力等)写在箭头上下,箭头和反应条件的距离不能太大,反应时间不用写。条件文本与箭头的距离可参考例8,注意带有数字下角标和下行的字母(如q, y, p等),避免与箭头重合!
例8
箭头要比反应条件文本框稍微长一点,箭头两端都要留一些空间。
各个条件文本之间用逗号加空格隔开。若反应条件较长,需要分成两行或多行时每一横行条件末尾无逗号隔开,居中如例9。
例9
凡是条件为全称时,首字母都要大写,如甲苯、二氧六环和微波以及结晶,柱层析等分别用Toluene、Dioxane、Microwave、Crystalliz
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