用于衡量基因组不稳定性的试剂盒、探针及其应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 112662767 A (43)申请公布日 2021.04.16 (21)申请号 202011360943.7 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886 (2018.01) (22)申请日 2020.11.27 (66)本国优先权数据 202011340007.X 2020.11.25 CN (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 天津华大医学检验所有限公司　 华大生物科技（武汉）有限公司 (72)发明人 焦阳　陈冬菊　宋程程　蔡宇航　 李红梅　孟培　王春丽　邵明辉　 石太平　 (74)专利代理机构 北京清亦华知识产权代理事 务所(普通合伙) 11201 代理人 周慧云 权利要求书4页 说明书41页 附图18页 (54)发明名称 用于衡量基因组不稳定性的试剂盒、探针及 其应用 (57)摘要 本发明提出用于衡量基因组不稳定性的试 剂盒及其应用，试剂盒含有的探针集合是通过下 列步骤确定的：将参考基因组序列划分为多个一 级区域，一级区域含有至少一个已知的SNP位点； 针对多个一级区域的每一个，进行SNP过滤；选择 缺口区域；基于预期间隔，将缺口区域划分为至 少一个二级区域；针对至少一个二级区域的每一 个，分别进行二级高频SNP搜寻：由二级区域的中 心点向两侧至少一次延伸处理；和在至少一次延 伸预定长度之后，在所得到的区域中寻找频率最 高的SNP，基于一级高频SNP和二级高频SNP汇总 A 作为起始点SNP，确定三级区域；和基于三级区 7 域，构建特异性识别三级区域的探针。利用该方 6 7 2 法，能够有效地获得能够有效地用于分析基因组 6 6 2 不稳定性的探针组合。 1 1 N C CN 112662767 A 权　利　要　求　书 1/4 页 1.一种用于衡量基因组不稳定性的试剂盒，所述试剂盒含有探针集合，其特征在于，所 述探针集合是通过下列步骤确定的： (1)基于预先确定的预期区间数目和预期间隔的至少之一，将参考基因组序列划分为 多个一级区域，所述一级区域含有至少一个已知的SNP位点； (2)针对所述多个一级区域的每一个，进行SNP过滤，以便获得一级高频SNP，并将所述 一级区域划分为含有所述一级高频SNP的一级区域和不含所述一级高频SNP的一级区域，所 述一级高频SNP为所述一级区域中的频率最高SNP并且所述一级高频SNP的频率不低于预定 频率； (3)选择相邻所述一级高频SNP之间的距离超过预定阈值的区域作为缺口区域，所述预 定阈值不低于所述预期间隔的1.5倍； (4)基于所述预期间隔，将所述缺口区域划分为至少一个二级区域； (5)针对所述至少一个二级区域的每一个，分别进行二级高频SNP搜寻，所述二级高频 SNP的频率不低于所述预定频率： (a)由所述二级区域的中心点向两侧至少一次延伸处理，所述延伸处理由所述中心点 两侧延伸预定长度；和 (b)在所述至少一次延伸预定长度之后，在所得到的区域中寻找频率最高的SNP，如果 该SNP的频率不低于10％，则选择该SNP作为所述二级高频SNP，其中，在获得所述二级高频 SNP时停止所述延伸处理，或者在经过所述延伸处理后的区域长度超过所述预定阈值时停 止所述