用于微量FFPE RNA样本评估的方法、试剂盒及应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 109593835 A (43)申请公布日 2019.04.09 (21)申请号 201710910929.1 (22)申请日 2017.09.29 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 (72)发明人 宗亮　陈翠　刘红笑　徐怀前　 (74)专利代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有 限公司 44281 代理人 彭家恩　罗瑶 (51)Int.Cl. C12Q 1/6851(2018.01) C12N 15/11(2006.01) 权利要求书1页 说明书7页 序列表2页 附图2页 (54)发明名称 用于微量FFPE RNA样本评估的方法、试剂盒 及应用 (57)摘要 本申请公开了一种用于微量FFPE RNA样本 评估的方法、试剂盒及应用。本申请的用于微量 FFPE RNA样本评估方法，包括选取靶标片段，采 用靶标片段的特异性引物和探针，对微量FFPE  RNA样本进行实时荧光PCR；并采用标准曲线进行 相对定量，获得靶标片段的相对浓度和丰度，以 此评估微量FFPE RNA样本的可用性。本申请的方 法，打破目前主流检测工具2100Bioanalyzer的 局限，采用实时荧光PCR和标准曲线进行相对定 量，判断其样本质量，与2100Bioanalyzer方法相 比，本申请的方法可直接展示靶标片段的丰度和 A 可用性情况，并且，无需额外购买昂贵的毛细管 5 电泳分析设备，成本更低，更易推广和普及。 3 8 3 9 5 9 0 1 N C CN 109593835 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种用于微量FFPE RNA样本评估的方法，其特征在于：包括选取靶标片段，采用所述 靶标片段的特异性引物和探针，对待测的微量FFPE RNA样本进行实时荧光PCR检测； 并采用标准曲线对所述实时荧光PCR检测的结果进行分析，获得所述微量FFPE RNA样 本中，靶标片段的相对浓度和相对丰度，以此评估所述微量FFPERNA样本的可用性。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述标准曲线由RNA标准品采用与所述微 量FFPE RNA样本相同的实时荧光PCR扩增获得。 3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述RNA标准品为UHRR人标准品。 4.根据权利要求1-3任一项所述的方法在前列腺癌的微量FFPE RNA样本的质量评估中 的应用。 5.一种前列腺癌的微量FFPE RNA样本评估的方法，其特征在于：包括选取前列腺癌的 关键基因，采用所述关键基因的特异性引物和探针，对待测的微量FFPE RNA样本进行实时 荧光PCR检测； 并采用标准曲线对所述实时荧光PCR检测的结果进行分析，获得所述微量FFPE RNA样 本中，前列腺癌相关的基因的相对浓度和相对丰度，以此评估所述微量FFPE RNA样本的可 用性。 6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：所述前列腺癌的关键基因包括GUSB基因和 CDKN1A基因，所述实时荧光PCR检测为两个基因的多重实时荧光PCR。 7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于：所述GUSB基因的特异性引物的上下游引物 分别为Seq  ID No.1所示序列和Seq  ID No.2所示序列，GUSB基因的特异