第七章生物信息学.pptxVIP

? ? ? ? ;内 容;一、生物信息学的概念（p199）;人基因组海量信息 23对=46条染色体 30亿碱基对(base pairs) 3～5万个基因?基因组学 3万种以上蛋白质 ?蛋白质组学 基因表达、作用、调控网络;已经或即将完成的生物全基因组;后基因组时代的到来 人类首次了解了自身的基因序列，了解了很多远亲生物的基因序列 正在面对指数扩增的基因序列和各种数据库 面临如何将基因序列资料转变为有用的知识，进而服务于人类，造福人类健康的挑战 人类功能基因组学必须多学科协作 生物信息学技术 生物芯片技术 蛋白质组学技术 高通量细胞筛选技术等 生物信息学是人类功能基因组学研究的必要工具;生物信息的开发和应用;;;1.基因与基因组分析;基因预测;原核生物基因结构;5’;;特定状态碱基对的概率取决于它前面碱基对的状态 向另一种状态的转换概率取决于转换信号的出现(剪切位点) 和/或 在特定隐藏状态的碱基对平均数量 (即内含子或外显子大小).;研究主要集中在核苷酸序列的存储、分类、检索和分析等方面 新基因的发现 非蛋白编码区生物学意义的分析 基因组整体功能及其调节网络的系统把握 基因组演化与物种演化;蛋白质结构 新蛋白的完整、精确和动态的三维结构 计算机辅助结构模拟 理解蛋白质的氨基酸序列和三维结构之间的关系 蛋白质序列及特性分析 蛋白质组学 ;;三、生物信息学的研究方法和技术 ;数据库技术 生物分子信息的存储、管理、查询等功能建立在数据库管理系统之上 人工神经网络技术 在功能上、结构上模拟大脑神经网络 神经网络计算速度快，更具有分析智能 应用：神经网络计算在优化和模式识别方面具有非常强的能力 基因识别、蛋白质结构预测上神经网络都取得了比其它方法更为准确的结果;分子模型化技术 利用计算机分析分子结构。通过交互操作平移、旋转和缩放分子的三维结构，从不同的角度观察分子构象和形状 分子力学和量子力学计算 主要基于半经验势函数的分子力学方法研究生物大分子的构象 量子力学在确定势函数的参数和研究局部性质 分子动力学模拟 研究蛋白质的构象及动力学，是计算机模拟实验的基础;“Half day on the Web，saves you half month in the lab”; 国外一直非常重视生物信息学的发展，各种专业研究机构和公司如雨后春笋般涌现出来，生物科技公司和制药工业内部的生物信息学部门的数量也与日俱增 1979年，美国洛斯阿拉莫斯国家实验室建立起GenBank数据库； 1982年，欧洲分子生物学实验室提供核酸序列数据库EMBL的服务； 1984年，日本着手建立国家级的核酸序列数据库DDBJ并于1987年开始提供服务;国内对生物信息学领域也越来越重视 1997年3月，北京大学于成立了生物信息学中心； 2000年3月，中科院上海生命科学研究院成立 其他，北京大学的罗静初和顾孝诚教授在生物信息学网站建设方面、中科院生物物理所的陈润生研究员在EST序列拼接方面以及在基因组演化方面、天津大学的张春霆院士在DNA序列的几何学分析方面等等……;基因图谱数据库 核酸序列数据库 蛋白质序列数据库 大分子结构数据库等 国际著名的生物信息中心 NCBI National Center for Biotechnology Information (US)? EBI European Bioinformatics Institute (EU) HGMP Human Genome Mapping Project Resource Centre (UK ) ExPASy Expert of Protein Analysis System (Switzerland ) CMBI Centre of Molecular and Biomolecule (The Netherlands) ANGIS National Genome Information Service (Australia)? NIG National Institute of Genetics (Japan) BIC National Bioinformatics Centre (Singapore) ;;DNA数据库;GenBank的增长;2005年6月发行的第84版EMBL数据库中，总计超过4525万条、491亿碱基数量的数据库;Public free Available via Internet;蛋白质信息资源数据库（PIR）;蛋白质结构数据库( PDB);PBD数据的增长;2.软件;DNAMAN是美国Lynnon BioSoft公司开发的高度集成化的分子生物学应用软件，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质序列分析、质粒绘