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1.拷贝数
拷贝数就是指某基因 (可以是)在某一生物的基因组中的个数 . 单
拷贝就是该基因在该生物基因组中只有一个 ,多则指有多个。
(一)在细菌细胞中,某种特定质粒的数目。根据复制特性,质粒
分严紧型和松弛型两类,前者在细胞中只含 1~2 个,而后者含 10~
15 个以上。恒定的与质粒复制控制系统、及生长条件有关。质粒复
制首先通过调节复制的起始点来控制拷贝数, 调节因素包括、 和某些
顺向重复序列。有些质粒还有其他控制系统,如有分配功能的 par 系
统和确保质粒稳定遗传的 ccd 系统。一旦质粒上与调控有关的基因或
位点突变,可使拷贝数明显增加或减少。
(二)在细菌细胞中,某种特定基因的数目。
检测方法:
1)Southern blot:Southern blot 是一种常用的 DNA 定量的分子
生物学方法。 其原理是将待测的 DNA 样品固定在固相载体 (硝酸纤
维膜或尼龙膜)上,与标记的核酸探针进行杂交,在与探针有同源序
列的固相 DNA 的位置上显示出杂交信号, 通过检测信号的有无、 强
弱可以对样品定性、定量,从而计算出转入的拷贝数。 Southern 法
准确性高、特异性强,但存在费时费力的缺点。另外,由于 Southern
法检测不经过靶片段的扩增 (PCR ),一般每个电泳通道需要 10-30
μ g 的 DNA ,在实际操作中就需要较大量的植物材料来提取
DNA ,而转基因植物的愈伤组织在无菌条件下经过筛选、重新分化
后一般都比较细弱, 不宜大量取样。 如果外源基因在插入时发生基因
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重组,造成限制性酶切位点丢失, Southern 法也无法检测到。这些
因素都制约了 Southern 法在 T 0 代转基因植物中检测外源基因拷
贝数的应用。
2)实时荧光定量 PCR:其定量的基本原理是在 PCR 反应体系
中加入非特异性的荧光染料(如: SYBR GREEN I )或特异性的荧
光探针(如: Taqman 探针),实时检测荧光量的变化,获得不同样
品达到一定的荧光信号(阈值)时所需的循环次数: CT 值( Cycle
Threshold);通过将已知浓度标准品的 CT 值与其浓度的对数绘制标
准曲线,就可以准确定量样品的浓度。 荧光定量 PCR 技术具有简便、
快捷的优点,能够有效扩增低拷贝的靶片段 DNA ,对每克样品中
20pg-10ng 的转基因成分进行有效检测。 同时,与 Southern 法相比,
荧光定量 PCR 技术可对 T-DNA 的不同序列进行扩增, 因此能实现
对转基因品系中的基因重组的检测( Giovanna 2002)。
2.什么是总离子流色谱图
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