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xx 感谢你的观看 生物信息学根底教程第4讲：正那么表达式教程 ——正那么表达式与模式匹配 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2019年8月28 本节内容 正那么表达式 正那么表达式的定义与表示方法 正那么表达式中的元字符〔metaaachaaaraaacter〕 VIM编辑器 grep命令 sed编辑器 aaawk工具 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 正那么表达式 所谓正那么表达式〔regulaaar expression， RE〕， 指的是符合某种模式的字串，常用于从文件中或者字符串中查找和替换某些符合某种规那么的字串 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 VIM教程 ——linux下最常用的文本编辑器 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2019年8月28 VIM编辑器 三种模式：各种模式之间切换 从命令行模式到插入模式：按下i键 从命令行模式到附加模式：按下aaa键 返回命令行模式：按下ESC键 退出编辑 保存并退出：在命令行模式按下:wq 不保存退出：在命令行模式按下:q! 保存：在命令行模式按下:w 另存为其他文件名：按下:w filenaaame * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 VIM编辑功能 光标跳到文件头：命令行模式下按2下g 光标跳到文件尾：按下:$ 光标跳到行首：按下^ 光标跳到行末：按下$ 跳到100行：按下100g * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 VIM查找功能 底行模式下输入/paaattern/回车，对应符合paaattern的文本就会显示为高亮 底行模式下输入:m,n/paaattern/，就会在第m行到第n行查找paaattern并高亮显示 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 grep教程 ——正那么表达式的应用 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2019年8月28 grep简介 是Gaaal seaaarch regulaaar expression (RE) aaand Print out the line的缩写 强大的文本搜索工具，使用正那么表达式搜索文本，并打印匹配的行 在一个或者多个文件中搜索字符串模式，搜索的结果输出到屏幕，不影响文件内容 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 grep用法 grep [option] ‘paaattern’ input_files * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 常用grep命令选项 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 grep正那么表达式元字符 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 练习题：这些命令都能干啥？ ls –l | grep ‘^aaa’ grep ‘test’ d* grep ‘test’ aaaaaa cc grep ‘[aaa-z]\{5\}’ aaaaaa grep ‘w\(es\)t.*\1’ aaaaaa grep ‘^n’ daaataaafile grep ‘4$’ daaataaafile grep ‘5\..’ daaataaafile grep ‘\.5’ daaataaafile grep ‘^[wesn]’ daaataaafile grep ‘[A-Z][A-Z] [A-Z]’ daaataaafile grep ‘ss* ’ daaataaafile grep ‘[aaa-z]\{9\}’ daaataaafile grep ‘\[aaa-z].*n\’ daaataaafile * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 sed教程 ——非交互性文本编辑 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2019年8月28 sed简介 首先用which sed查看一下sed的位置 一个非交互性文本编辑器，编辑文件或标准输入导出的文件拷贝 sed可以随意编辑小文件或者大文件 一次性处理所有改变，高效率 通过行号和正那么表达式指定需要编辑的行 * 感谢你的观看 2021年8月28 * xx 2021-10-10 sed用法 从文件的一个文本行或标准输入中读取数据，并将其拷贝到一个编辑缓冲区 读取命令行或者脚本的第一条命令，并用该命令查找模式或定位行号并编辑，重复过程直到命令结束 sed [option] ‘sed_commaaand’ input_file sed [option] –f sed_script_file inp