蛋白质间分子动力学模拟及数据分析.ppt

蛋白质间分子动力学模拟及数据分析;蛋白质的结构和对接;1、模拟所需要的软件 NAMD，Ambertools，VMD。 NAMD为执行模拟的软件； Ambertools提供所需力场和进行结合能等的计算； VMD为成像和分析软件，将模拟轨迹进行图像呈现 2、模拟所需要文件 对接的复合物结果（pbd格式）;准备工作;一、特殊氨基酸处理 原理: 半胱氨酸(Cys)有两种存在形态,有的是两个半胱氨酸通过二硫键相连,有的则是自由 的,两种半胱氨酸在力场文件中是用不同的 unit 来表示的,这相当于是两个完全不同的氨基酸,需要手动更改蛋白质文件中半胱氨酸的名字。组氨酸(His)有若干种质子态,和半胱氨酸一样,也需要查阅文献确定它的质子态,并更改残基名称 步骤： （1）对于Cys,通过查阅文献确定其形态,桥连的要用 CYX,自由的用 CYS （2）对于His,把原始pdb文件或做了相关突变的准原始pdb文件提交到PDB2PQR web server, 在生成的文件里查找各个HIS的pKa值,根据pKa值与pH的大小关系决定质子化状态。即,pHpKa, 去质子化,改为HID或HIE;pHpKa,质子化,改为HIP。 ;二、去除蛋白质中的H和其他杂成分 原理: Ambertools 自带的 leap 程序是处理蛋白质文件的,他可以读入PDB格式的蛋白质文件,根据已有的力场模板