《Python语言程序设计》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 135 Python 语言程序设计 一、课程简介 随着高通量测序技术的发展和生物医学海量数据的产生，大量生物医学数据资源有待于人们去挖掘。因此，程序设计语言是生物技术专业的数据处理、算法开发等方面的重要基石。Python是一门结合了解释性、编译性、互动性和面向对象的高层次脚本语言。Python 语言的设计具有很强的可读性，与其他程序设计语言相比，Python 在设计上坚持了清晰划一的风格，具有相对较少的关键字，较为简单的语法结构等优点。Python 具有丰富和强大的库。它常被昵称为“ 胶 水语言”，能够把用其他语言制作的各种模块（如 C /C++）很轻松地联结在一起。这些优点使得 Python 成为一门易读、易维护，并且被大量用户所欢迎的、用途广泛的语言。 《Python 语言程序设计》课程是生物技术专业的一门必修计算机基础课程。通过本课程的学习，使学生掌握 Python 语言基础语法，掌握函数、模块、类及面向对象语法，理解抽象，重用等程序设计理念，熟悉常用 Python 模块的使用。熟悉生物信息学基本统计分析包、程序脚本和 web 联接方法，了解生物信息中常见的 Python 软件与数据库，并利用 Python 语言解决生物学研究中的一些实际问题，如处理生物学数据、分析序列文件、序列比对、数据挖掘、生物信息学软件及分析平台开发等，培养学生的实际动手能力和科学的学习方法，使学生们具备系统的生物医药大数据数据分析处理、精准医学和生物大科学研发能力，及应用生物信息学技术分析、解决生物医药问题的能力，为科研训练及以后从事生物信息学研发工作打下良好的基础。 二、理论教学内容 Python语言简介 掌握内容：Python语言在生物信息学中的应用、搭建Python运行环境。了解内容：Python语言的由来、Python语言应用前景。 Python基本数据类型及程序流程控制 掌握内容：掌握常量、变量、数值类型、字符串类型等数据类型的定义、程序流程控制。了解内容：不同数据类型在Python中的存储方式、如何优化程序流程控制。 Python高级数据类型及字符串操作 掌握内容：掌握列表、元组、序列、等高级数据类型的定义、字符串操作及格式化。了解内容：使用高级循环技巧节约代码、中文字符串的处理。 文件操作 掌握内容：打开关闭文件及文件读写操作。了解内容：文件打开模式。 函数的基本属性 掌握内容：函数定义和调用及函数参数设置、局部变量与全局变量作用范围。了解内容：函数的递归调用。 函数编程 掌握内容：匿名函数及函数作为变量和参数。了解内容：高级函数的使用。 Python中的模块与包 掌握内容：模块的导入和使用，包的组织结构，包的导入与使用。了解内容：模块的存放路径。 类和对象 掌握内容：类的定义及类的实体化与调用。了解内容：类的静态属性和静态方法。 继承 掌握内容：类的继承原理及类的方法重载。 了解内容：运算符重载。 异常的处理，迭代器和生成器 掌握内容：捕捉异常及触发异常；创建和使用迭代器与生成器。了解内容：自定义异常类。 用Python做科学计算，numpy模块、matplotlib模块与scipy模块掌握内容：多维数组的使用。 了解内容：科学计算相关的常用函数。 Python算法开发 掌握内容：二分查找方法、冒泡排序、快速排序方法开发。了解内容：算法开发基础及用户需求分析。 三、实验教学内容 Python语言基础 基本内容：安装Python和notepad++；使用Python解释器；简单的加减乘除运算；调用标准模块math中的数学函数；编写和运行Python脚本；打印一段文字和字符画（或字符表情）；注释方法；使用IDLE；使用ipython和ipython notebook。 基本要求：初步熟悉Python开发环境，掌握Python解释器的使用，掌握编写和运行python脚本的方法，熟练掌握输出打印方法，了解ILDE，掌握ipython和ipython notebook的使用方法。 Python程序设计及文件操作 基本内容：变量、数值类型、字符串的语法练习；字符串和数值之间的转换练习；编写代码：处理Ensembl数据库基因ID信息。 基本要求：会编写简单的程序，初步掌握变量和表达式，以及简单的循环和判断语句的使用。 Python语言在生物信息学中的应用 基本内容：读取GEO数据库中基因表达谱文件（txt格式）；编写代码：找出差异表达基因集合；根据基因注释信息（注释文件.txt）给出差异表达基因的详细信息（染色体位置、编码蛋白质等）；利用Python编写超几何检验函数，并利用给出的基因与通路对照文件找出差异表达基因显著富集的生物学通路。 基本要求：利用Python分析基因表达谱文件，找出差异表达基因并进行基因集合