《合成生物学》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 129 合成生物学 一、课程简介 合成生物学是利用生物信息学和系统生物学的方法研究生物层次化结构、功能、进化之间的关系及规律；以此为基础，按照特定的规律和已有知识，通过设计和重新组建的生物部件、装置和系统，实现人类的特殊目的。此课程是融合分子生物学、结构生物学、生物信息学以及合成生物学等课程为一体的新型课程，是生物技术专业本科学习课程的重要组成部分，其目标是培养具有一定科研能力、富于创新精神、适应未来信息学科竞争的新型的专业人才。 生物系统的高分辨结构信息将允许我们对生命系统的功能、对系统修饰或扰动的后果进行精确的解释和推理。这一结构信息的展现与日益增长的基因组、蛋白组、代谢组信息相联系，为分析生物医学问题提供了强大的研究背景。本课程侧重以基础理论与科研实例相结合的方式，介绍蛋白质、DNA和RNA等生物大分子的结构原理、生物分子结构相关数据库、识别生物分子活性结构的方法、结构信息学与药物发现、基于结构的复杂疾病生物标记识别、工程化的功能化模块设计、仿真与预测算法的相应软件等方面的应用。 通过本课程的学习，使学生了解及掌握常用的合成生物学方面的基础知识以及相应的分析软件的原理和使用方法；通过人工构建生物分子、遗传线路和代谢途径的模拟，了解合成生物学基本原则和生物系统的工程化技术；能够根据结构生物学和合成生物学数据资源设计并开展生物医学相关领域课题的研究，同时培养学生应用所学知识观察、分析、综合和独立解决问题的能力，为学生在未来科研和工作打下坚实的理论基础。 二、理论教学内容 绪论 掌握内容：合成生物学概念；理解生命现象的结构基础；结构数据的特性；合成生物学研究的核心内容，生物大分子的合成与模块化，合成生物学的应用研究；高通量结构检测和解析技术；基因线路的合成与构建。 了解内容：结构数据与其他数据的整合；合成生物学面临社会及伦理问题；理解、验证和深化理解生物现象的意义、生物信息学在结构和合成生物学应用的展望。 生物大分子结构基础原理 掌握内容：蛋白质的二级结构：区域局部三级结构，蛋白质的三级结构：球形二级结构、结构域互换，蛋白质折叠类型、功能与错误折叠，蛋白质-蛋白质相互作用；DNA二倍体的三种结构类型：B-DNA、A-DNA、Z-DNA，RNA结构模体（motif），转运RNA的空间结构，LncRNA折叠形成的空间结构。 了解内容：蛋白质的一级结构：氨基酸序列，蛋白质的四级结构：多样性多肽链间的相互集结。 生物大分子结构的研究方法 掌握内容：高通量结晶技术与高分子X射线结构解析中的计算技术，X射线结构电子云密度图的解析，X射线结构电子云密度修正，生物大分子结构解析与NMR波谱技术原理，电子晶体学和电镜三维重构，NMR生物信息学，通过NMR波谱解析技术确定蛋白质结构的一般流程。 了解内容：X射线结构重原子的位置与实验相位的计算，NMR与分子动力学，蛋白质动力学成像，电子断层成像。 生物大分子结构数据库和数据描述 掌握内容：PROTEIN DATA BANK数据库，mmClF及其他数据格式，大分子三维结构图形程序RasMol、POV-Ray、Cn3D、Swiss-Pdb View，蛋白质结构进化和SCDP数据库、CATH数据库的序列识别算法、结构域边界的识别，蛋白质四级结构数据库（PQS）、蛋白质—配体相互作 用数据库（ReliBase）、大分子运动数据库（MolMovDB）、Partslist：动态折叠比较数据库。 了解内容：PDB收集的数据内容、数据的验证和注释、数据处理统计，核酸数据库（NDB） 信息内容、数据确认、处理、分发、应用，生物大分子结晶数据库（BMCD）、剑桥结构数据库 （CSD）、有机小分子结构、NCBI维护的大分子数据库（MMDB）、蛋白质的二级结构数据库 （DSSP）。 结构比对与质量验证 掌握内容：蛋白质结构比较算法和优化、多结构比对，蛋白质折叠空间图谱，用于结构检查的软件。 了解内容：x射线晶体成像、来自NMR波谱解析的模型的误差估计和精确，网络上的结构质量信息验证。 核酸结构和功能预测 掌握内容：CASP和CAFASP实验及其发现，同源建模方法，折叠类型识别方法，基于从头预测方法的分析及软件介绍和使用，一维预测，二级结构、跨膜螺旋以及溶剂可及行；基于最小自由能法、碱基数目最大化法，螺旋区组合法、多重序列比对法的RNA二级结构预测。基于结构预测方法的应用软件及具体操作实例。 了解内容：RNA的二级结构预测方法及思路，影响RNA折叠结构稳定性的因素；mRNA一级结构的特点、RNA一级结构的测定、一级结构与分子进化。 蛋白质结构与功能预测 掌握内容：从蛋白质结构推测蛋白质功能，结构功能预测方法：活性部位的鉴定和作用机制的研究，定量研究，表面粒团共振；蛋白质结构域的运动与功能的关系；蛋