《生物医学网络资源》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 66 生物医学网络资源 一、课程简介 生物医学网络资源是一门介绍各种生物医学资源以及如何有效地获取这些资源的学科。该课程主要涉及各种生物资源的网络信息，学习各种网络资源的查询、获取以及有效地结合不同网络资源的协同获取。该课程为学生实践后续各课程提供了基础，解决各种生物信息分析中的数据获取以及生物注释。生物医学网络资源需以了解各种生物医学相关概念以及网络信息为基础，培养学生能够精确快速的定位需要的生物医学信息。 本门课程通过讲授各种网络生物医学信息资源使学生能够快速有效的查询以及获取相关的生物医学信息，同时掌握当前主流的一些生物信息资源，使学生对主流生物信息资源的结构、组成以及内容有一定的了解，为学生在未来的生物信息研究工作中打下坚实的基础。 二、理论教学内容 DNA 和 RNA 数据库资源 掌握内容：核苷酸数据库 GenBank 数据库的界面查询、单条记录结构、整体构架以及下载接口（包括下载工具）；Ensembl 数据库的界面查询、单条记录结构、整体构架以及下载接口（包括下载工具）；miRBase 高通量测序数据库的界面查询、单条记录结构、整体构架以及下载接口 （包括下载工具）；UCSC 基因组数据库的基础定义及其基因组浏览器的组成与结构，UCSC 注释轨道的详细内容及其结构，UCSC 表格查询的界面以及下属基本功能，UCSC 整体数据库的结构以及下载接口（包括下载工具）。会使用序列比对软件Blast， Clustal W 进行序列比对。 了解内容：NCBI、EMBL 等数据库中的其它的核苷酸序列的查询方式，会利用以上等数据库找到所需数据。 蛋白质数据库资源 掌握内容：Swiss-Prot 数据库中蛋白质序列条目的构成，蛋白质序列信息，分类学信息，注释信息等信息的获得，能够利用 Swiss-Prot 查询所需蛋白质信息；能够利用 PDB 国际生物大分子数据库进行三维结构查询；Prosite 数据库中与功能相关的蛋白质序列模式查询。 了解内容：PIR 和PSD 数据库；SCOP 数据库，InterPro 数据库。 Gene Ontology 网络资源 掌握内容：会使用Go 数据库进行基因生物学功能，生物学途径和细胞中的组成查询。了解内容：EBI 数据库中的 Gene Ontology 的使用。 KEGG 数据库资源 掌握内容：KEGG 系统中的 Pathway 界面查询、查询选项、单条记录结构、记录显示与保存、下载接口。能够利用 KEGG Pathway 进行通路查询。 了解内容：会利用 KEGG 进行疾病通路的查询。 蛋白质相互作用网络资源 掌握内容：利用人类蛋白参考数据库（HPRD）提供的系统平台，能够查询到每个人的蛋白质组蛋白有关的结构域，翻译后修饰，互作网络，与疾病的关联。 了解内容：MINT，STRING，DIP，BIND 等相互作用数据库。 与疾病相关的数据库资源 掌握内容：OMIM 数据库中人类基因与遗传紊乱的编目，数据库中文本的信息、图片和参考信息，数据库中连接到 NCBI Entrez 数据库中 Medline 文章和序列信息。 了解内容：OMIM 数据库中有关人类特定疾病的查询。 CTD 数据库资源 掌握内容：CTD（Comparative Toxicogenomics Database）数据库的界面查询、单条记录结构、整体构架以及下载接口。能够利用CTD 查询并下载所需的药物与疾病、相关基因与疾病间的相互作用信息和通路信息等。 了解内容：CTD 中特定疾病信息的查询和使用。 三、实验教学内容 DNA 和 RNA 数据库资源 基本内容：核苷酸数据库 GenBank 数据库、Ensembl 数据库、UCSC 基因组数据库的查询和使用练习。 基本要求：GenBank、EMBL、UCSC 等数据库中的其它的核苷酸序列的查询，会利用以上等数据库找到所需数据。 蛋白质数据库资源 基本内容：Swiss-Prot 数据库、Prosite 数据库的查询和使用练习。 基本要求：Swiss-Prot 数据库中蛋白质序列条目的构成，蛋白质序列信息，分类学信息，注释信息等信息的获得，能够利用 Swiss-Prot 查询所需蛋白质信息；能够利用 PDB 国际生物大分子数据库进行三维结构查询；Prosite 数据库中与功能相关的蛋白质序列模式查询。 Gene Ontology 网络资源 基本内容：EBI 数据库中的 Gene Ontology 的使用。 基本要求：会使用 Go 数据库进行基因生物学功能，生物学途径和细胞中的组成查询。 KEGG 数据库资源 基本内容：KEGG 系统中的 Pathway 界面查询、查询选项、单条记录结构、记录显示与保存、下载接口。 基本要求：能够利用 KEGG Pathway 进