第2章 生物数据库介绍.pptVIP

2.3.2 PROSITE (蛋白质序列功能位点数据库) PROSITE 输入氨基酸序列，提交后，即可。 2.3.3 SCOP 英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于web的蛋白质结构数据库分类、检索和分析系统； 详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。 网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP主页 主页上的各种在线分析软件 2.3.4 COG COG 2.3.5 河北大学蛋白质数据库HPDB 2.4功能数据库 京都基因和基因组百科全书（KEGG） 相互作用的蛋白质数据库（DIP） 可变剪接数据库（ASDB） 转录调控区数据库（TRRD ） ………………………………………………………… 2.4.1京都基因和基因组百科全书(KEGG) 是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。 基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。KEGG提供了Java的图形工具来访问基因组图谱，比较基因组图谱和操作表达图谱，以及其它序列比较、图形比较和通路计算的工具，可以免费获取。 KEGG  相互作用的蛋白质数据库(DIP)收集了由实验验证的蛋白质－蛋白质相互作用。数据库包括蛋白质的信息、相互作用的信息和检测相互作用的实验技术三个部分。用户可以根据蛋白质、生物物种、蛋白质超家族、关键词、实验技术或引用文献来查询DIP数据库。 2.4.2DIP DIP /dip/Main.cgi 2.4.3 ASDB 可变剪接数据库(ASDB）包括蛋白质库和核酸库两部分。 ASDB(蛋白质)部分：来源于SWISS-PROT蛋白质序列库，通过选取有可变剪接注释的序列，搜索相关可变剪接的序列，经过序列比对、筛选和分类构建而成。 ASDB(核酸)部分：来自Genbank中提及和注释的可变剪接的完整基因构成。数据库提供了方便的搜索服务。 网址： /asdb 2.4.4 TRRD 转录调控区数据库(TRRD) 的每一个条目里包含特定基因各种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。 TRRD包括五个相关的数据表：TRRDGENES(包含所有TRRD库基因的基本信息和调控单元信息)；TRRDSITES(包括调控因子结合位点的具体信息)；TRRDFACTORS(包括TRRD中与各个位点结合的调控因子的具体信息)；TRRDEXP(包括对基因表达模式的具体描述)；TRRDBIB(包括所有注释涉及的参考文献)。 TRRD主页提供了对这几个数据表的检索服务。 TRRD 2.4.5 TRANSFAC TRANSFAC数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与DNA结合的profiles的数据库。 由SITE、GENE、FACTOR、CLASS、MATRIX、CELLS、METHOD和REFERENCE等数据表构成。 此外，还有几个与TRANSFAC密切相关的扩展库：PATHODB库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；S/MART DB收集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息；TRANSPATH库用于描述与转录因子调控相关的信号传递的网络；CYTOMER库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生理系统和发育时期的表达状况。 网址： http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/ 从1994年开始，《核酸研究》（Nucleic Acid Research）杂志每年第一期为生物学数据库专集，介绍各种生物学数据库，这一期是免费的。 网址：/ 常用数据库汇总 Volume 37, Web Server issue, 1 July 2009 ?? Volume 37, Database issue, January 2009 ?? 2.5基本序列数据库注释及序列格式 EMBL标识字 GenBank标识字 含义 ID LOCUS 序列名称 DE DEFINITION 序列简单说明 AC ACCESSION 唯一的序列编号 SV VERSION 序列版本号 KW KEYWORDS 与序列相关的关键词 OS SOURCE 序列来源的物种名 OC ORGANISM 序列来源的物种学名和分类学位置 DT 建立日期 RN REFERENCE 相关文献编号或提交注册信息 RA AUTHORS 相关文献作者或提交序列作者 RT TITLE 相关文献题目 RL JOURNAL 相关文献刊物名或作者单位 RX MEDL