野生稻OrufipogonWcDNA克隆资源的.ppt

野生稻O. rufipogon W1943 1888条全长cDNA序列的数据分析 NCGR 2008-09-03 第一页，共十三页。 背景 野生稻O. rufipogon（AA genome）是与栽培稻关系最近的祖先水稻品种1,2。 具有许多优于栽培稻的农艺性状，比如耐旱、耐盐等等3,4； 公共数据库中有大量栽培稻的基因组序列信息5,6，同时也有大量的cDNA资源7,8； 极少野生稻的序列和克隆资源，比较成规模的是Oryza minuta (BBCC genome) 5,211条叶片ests9。 第二页，共十三页。 现状与目的 NCGR野生稻资源：克隆并精确测序了1,888个unique的O. rufipogon W1943 cDNA克隆。 期望通过W1943 cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较： 汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与microRNA相关的基因； 提供一些线索，供有兴趣者作进一步研究之用。 第三页，共十三页。 1888 W1943 cDNAs BLAST against cultivated rice genomic sequences and cDNAs 1888 W1943 cDNAs SSR comparison with indica and japonica cDNAs 第四页，共十三页。 一、未匹配粳稻基因组之基因 定义：未能定位到O. sativa japonica Nipponbare genome sequences，但与籼稻93-11基因组序列有同源或与水稻ests序列有同源或与其它禾本科ests序列有同源。 且去除与细菌有同源的基因 解释：或者落于粳稻基因组测序gap中，或者籼稻特有的基因，或者野生稻特有基因。 name 93-11 contigs ESTs or mRNA hits protein name 93-11 contigs ESTs or mRNA hits protein CT842002 Contig005912 AK241925 - CU406895 Contig003011 CT859459 - CT842007 Contig008507 CT856206 - CU861744 Contig000750 AK099287 ring-box protein CU405940 Contig001402 AK103326 - CU405657 - CT856885 - CU406172 Contig014596 AK242967 - CT841712 - CA766528 - CT842006 Contig000383 AK111647 GTP-binding protein CU405768 - CT836656 60S ribosomal protein L7A CU861753 Contig000750 AK099287 ring-box protein CU405675 - CA756235 60S ribosomal protein L17 CU406308 Contig000444 AK070131 - CU406202 - NM_001063334 - CT841996 Contig002576 CT834800 - CU406924 - AC145809 - CU406568 Contig003848 AK064050 Bowman Birk trypsin inhibitor CU405898 - CN130755.1 (Sorghum bicolor) ribulose-bisphosphate carboxylase CU406582 Contig000444 AK107776 - CU406778 - BE429292.1 (Triticum turgidum) - CU406596 Contig001277 AK242711 - CU861677 - FF534517.1 (Manihot esculenta) - CT842008 Contig008507 CT856206 -- CT841912 - EH277383.1 (Spartina alterniflora) - 第五页，共十三页。 二、水稻新基因 定义：能定位到栽培稻基因组序列的同源，但无任何已知水稻表达序列的同源。与rice MPSS搜索比较几乎没有找到匹配片段。 解释：水稻新基因。或者在栽培稻中表达量过低难于克隆，或者野生稻特有。 name Len(bp) Chr location Identity(%) name Len(bp) Chr locatio