基因组学幻灯片讲义基因组学.pptx

第1页/共66页基因组学 §1 基因组学概述 §2 基因组图谱的构建§3 基因组测序§4 功能基因组学第2页/共66页本章教学时数：4学时。本章重点：基因组计划的基本流程。本章难点：分子标记和基因图谱； 研究基因功能的方法 第3页/共66页§1 基因组学概述基因组（genome），又称染色体组一个物种单倍体的染色体数目，物种全部遗传信息的总和物种遗传信息的“总词典”控制发育的“总程序”生物进化历史的“总档案”第4页/共66页基因组学（genomics）1986年提出，至今20年，已经发展成为遗传学中最重要的分支学科。对物种的所有基因进行定位、作图、测序和功能分析第5页/共66页基因组学研究的最终目标 获得生物体全部基因组序列 鉴定所有基因的功能 明确基因之间的相互作用关系 阐明基因组的进化规律第6页/共66页经典遗传学 在20世纪初，遗传学刚刚诞生的时候，遗传学家的工作主要是鉴别感兴趣的基因，确定这些基因在染色体上的位置。 第一个环节：寻找自发突变体，或者利用物理、化学因素诱发突变。 第二个环节：通过连锁分析确定新基因与已知基因的相互关系，绘制遗传连锁图。第7页/共66页几个代表物种的基因组大小第8页/共66页钓鱼竭泽而渔第9页/共66页Fishing in a More Effective Way!CREDIT: JOE SUTLIFF Science, Vol 291: 1221.第10页/共66页基因组学的研究内容 结构基因组学 功能基因组学 蛋白质组学第11页/共66页结构基因组学（structural genomics） 基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列第12页/共66页功能基因组学（functional genomics） 又称后基因组学（postgenomics) 基因的识别、鉴定、克隆 基因结构、功能及其相互关系 基因表达调控的研究第13页/共66页蛋白质组学（proteomics）鉴定蛋白质的产生过程、结构、功能和相互作用方式第14页/共66页人类基因组计划1990，美国国立卫生研究所和能源部投资＄30亿，启动了人类基因组计划，预计15年时间完成人类基因组全部序列的测定cM的人类基因组遗传图谱，100kb的物理图谱2000，完成草图2001年2月，公布人类基因组图谱的修订版2002，完成测序工作第15页/共66页§2 基因组图谱的构建基因组计划的主要任务是获得全基因组序列但是，现在的测序方法每次只能测800～1000bp大量的测序片段要拼接要知道序列在Chr上的位置才能正确拼接基因组计划的第一个环节： 构建基因组图谱第16页/共66页基因组图谱遗传图谱（genetic map）物理图谱（physical map）第17页/共66页遗传图谱（genetic map） 采用遗传分析的方法将基因或其它DNA序列标定在染色体上构建连锁图。第18页/共66页遗传标记有可以识别的标记，才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上的特征标记。包括： 形态标记 细胞学标记 生化标记 DNA分子标记第19页/共66页多态性（polymophism）所有的标记都必须具有多态性！ 花色：白色、红色 株高：高、矮 血型：A、B、O型 淀粉：糯、非糯所有多态性都是基因突变的结果！第20页/共66页形态标记形态性状：株高、颜色、白化症等又称表型标记数量少很多突变是致死的受环境、生育期等因素的影响第21页/共66页 最早建立的果蝇连锁图，就是利用控制果蝇眼睛的形状、颜色，躯体的颜色、翅膀的形状等形态性状作为标记，分析它们连锁关系及遗传距离，绘制而成的。 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。第22页/共66页果蝇连锁图第23页/共66页细胞学标记明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征 染色体的核型 染色体的带型 染色体的结构变异 染色体的数目变异优点：不受环境影响缺点：数量少、费力、费时、对生物体的生长发育不利第24页/共66页生化标记 又称蛋白质标记 就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。 如：同工酶、贮藏蛋白 优点：数量较多，受环境影响小 缺点：受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息第25页/共66页DNA分子标记简称分子标记以DNA序列的多态性作为遗传标记优点： 不受时间和环境的限制 遍布整个基因组，数量无限 不影响性状表达 自然存在的变异丰富，多态性好 共显性，能鉴别纯合体和杂合体第26页/共66页限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） DNA序列能或不能被某一酶酶切，相当于一对等位基因的差异。 如有两个DNA分子（一对染色体），一个具有某一种酶的酶切位点，而另一个没有这个位点，酶切