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基因芯片在医学中有何应用？ 答：①基因分型 有许多研究表明, 基因组多样性往往与个体或群体的疾病的易感性和抵抗性相关, 利用 DNA 多态性对群体的基因型进行系统分析, 有可能获得与疾病易感性有关的大量基因变异。应用 SNPArray等芯片可以对样品的基因型进行分析, Meaburn 等(2006)利用100KSNP 芯片以及 DNA、混合池(DNAPooling)、对数量性状基因(Quantitative Trait Loci)进行分析, 从而证实SNP2MaP(SingleNucleotidePolymor2 phismMicroarraysandDNAPooling) 可以作为一种有效的数量性状基因的分析方法。Lao 等(2006)将借助于 SNP 芯片分析的全基因组 SNP 分型应用于个体间血缘关系的鉴定和世界范围内遗传结构的分析。 ②基因表达调控网络分析 基因表达的调控最终依赖于转录因子与顺式作用元件的相互作用。对不同生物的基因组系统分析发现, 有5~10%的真核生物的基因编码了转录因子, 而更多的非编码序列中有着丰富的顺式元件。这些构成基因表达调控的复杂网络(GeneRegulatoryNetwork),从而调控着基因的表达并最终决定复杂的生命过程。基因芯片尤其是 PromoterArray 和 TilingArray 的广泛应用, 为基因表达调控网络提供了新的技术平台。 ③染色体转录活性区域分析 目前对于染色体转录活性区域的确定主要来源于EST 和 mRNA 的检测和生物信息学软件的预测。但前者往往无法得到一些低拷贝的或只在特定条件下表达的基因; 而后者也过于依赖现有转录机制的研究, 无法预测未知类型的转录基因。利用样品 mRNA 与 tiling 芯片杂交可能会克服这一难题, 在原本认为没有转录活性的染色体区域发现新的基因。 ④表观遗传学分析 表观遗传学是指不依赖于基因型变化的一些基因表达或遗 传物质的变化, 即基因型未发生变化而表型却发生了改变, 且这种改变在发育和细胞增殖过程中能稳定传递。表观遗传涉及 DNA 的甲基化, 组蛋白的乙酰化和去乙酰化, 染色体重塑已经发生在转录后水平的 RNA 干涉和共抑制等。基因芯片技术还 能够高通量地对分析染色体的修饰, 如可以进行甲基化和乙酰化分析。 ⑤分子诊断 随着如血友病、苯丙酮尿症、地中海贫血、老年痴呆症等许多遗传性疾病相关基因的相继定位 , 将对应于突变热点区的寡核苷酸探针合成或点样于 DNA 芯片上, 已经形成了许多针对这些疾病进行检测的基因芯片。如果将多种 疾病的遗传位点集中于一张芯片上 , 有可能发展成为同时检测多种遗传疾病的分子诊断芯片。 ⑥快速测序 ⑦基因表达谱芯片 它是指将大量基因的 cDNA 或寡核苷酸探针固定于片基表面形成芯片, 利用荧光探针标记待测样品中的 mRNA 或 cDNA 序列片段。利用碱基对的相互作用将互补序列杂交并固定于芯片上 , 通过扫描仪检测荧光信号的强度并最终确定基因的表达量。 基因芯片的使用应注意哪些问题 ? 答:①基因芯片类型的选择 在选择基因芯片时，应根据研究课题的需要来选取相关基因芯片。 ②基因芯片的数量 从统计学和节约经费的角度来说，每实验组应最少有5~6 块基因芯片才有统计学意义。 ③取材及取材量 基因在机体的表达有时间特异性和组织特异性 ,因此,在利用基 因芯片时必须了解在什么时间取 材和取什么组织进行检测。 组织的取材量由两因素决定:第一是组织类型,不同组织的 mRNA 含量不同,因此对不同组织的取材量不同。第二是根据基因芯片的一次成功率 ,一般要求取材的量应满足进行最少 2次实验。 ④对基因芯片结果的分析 不能单凭基因芯片检测结果而对不同表达的基因之间 的关系做出结论。 ⑤多种芯片结合应用 随着蛋白芯片技术的发展，将基因芯片技术与蛋白芯片技术结合使用，可提高实验结果的可靠性和准确性。 ⑥基因芯片的使用方式 可采用与基因芯片公司合作的方式进行，在合作中，应就实验的设计等问题与基因芯片公司协商。避免由于实验设计等原因导致实验的失败。同时，应与基因芯片公司签订有关合同，明确双方的义务和责任。 基因芯片有哪些优点和缺点？ 答：（1）优点： ①基因芯片的最大优点在于其高通量，同时分析和处理大量样品； ②自动化程度高，基因探针的标记、杂交等过程是在一次实验过程中完成的； ③早期诊断，病人有效的治疗（ ③早期诊断，病人有效的治疗 （2）缺点： ①基因芯片不能对待检测基因在多细胞类型组织中的精确定位进行判断； ②很多蛋白质调节其功能不主要是依赖其是否表达或表达量高低，而是 依赖蛋白质磷酸化-去磷酸化等方式。在这种情况下，用核酸类芯片就无意义了; ③价格昂贵，普及度不高。